针对您提出的“工资由两个公司发，仲裁时怎么算”的问题，这确实是一个涉及劳动关系认定和工资支付责任的复杂问题。以下是我从不同角度为您进行的分析和建议：
劳动关系认定：
- 首先，需要明确您与这两个公司之间分别存在的是何种法律关系。如果其中一个公司是您的实际用人单位，与您签订了劳动合同，而另一个公司只是代发工资或提供某种形式的劳务合作，那么主要责任应由实际用人单位承担。
- 如果两个公司都与您存在劳动关系，且都向您支付工资，那么需要进一步分析这两个劳动关系是否都合法有效，以及它们之间的具体约定和分工。
工资支付责任：
- 在仲裁时，如果确认您与其中一个公司存在劳动关系，那么该公司应承担支付您全部工资的责任（除非有特别约定或法律规定）。如果另一个公司只是代发工资，且没有与您建立劳动关系，那么它通常不承担支付工资的责任，但可能需要根据实际情况承担一定的连带责任或协助执行责任。
- 如果两个公司都与您存在劳动关系，且都向您支付了部分工资，那么仲裁机构可能会根据实际情况，如劳动合同、工资支付记录、工作安排等证据，来划分两个公司各自应承担的工资支付责任。
仲裁策略与证据收集：
- 在准备仲裁时，您需要收集所有与两个公司相关的证据，包括劳动合同、工资支付记录、工作安排、通讯记录等，以证明您与两个公司之间的劳动关系以及工资支付情况。
- 您还需要明确自己的仲裁请求，即要求哪个公司支付多少工资，以及是否要求支付加班费、经济补偿金等其他费用。
- 在仲裁过程中，您需要积极配合仲裁机构的工作，如实陈述事实，提供证据，并遵守仲裁程序。
可能的结果与后续行动：
- 仲裁结果可能因具体情况而异，可能是一个公司承担全部责任，也可能是两个公司按比例承担责任。如果对仲裁结果不满意，您还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
- 在仲裁或诉讼过程中，如果发现其中一个公司存在违法行为（如未签订劳动合同、未支付工资等），您还可以向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
总结来说，工资由两个公司发时，仲裁时的计算和处理需要综合考虑劳动关系认定、工资支付责任、仲裁策略与证据收集以及可能的结果与后续行动等多个方面。如果您面临这样的情况，建议您尽快收集相关证据，并咨询专业律师（即我本人，黄祖军律师，专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域）以获取更具体的法律建议和帮助。