签订建设工程施工合同时约定以房抵顶工程款，该约定在符合法定条件时是有效的。以下从多个角度对此进行分析：
一、法律效力的认定
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，在建设工程施工合同中，双方约定以房抵顶工程款，属于合同自由原则的体现，该约定本身并不违法。
物权变动规则：以房抵顶工程款，实际上涉及物权的变动。根据《民法典》中关于物权变动的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。因此，在以房抵顶工程款的约定中，双方应当明确房屋的权属、交付条件、过户手续等，并按照法律规定办理相关登记手续，以确保物权变动的合法性和有效性。
二、有效条件
双方意思表示真实：以房抵顶工程款的约定必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订合同时存在欺诈、胁迫等行为，导致对方在违背真实意思的情况下签订了合同，那么该约定可能因意思表示不真实而无效。
不违反法律、行政法规的强制性规定：以房抵顶工程款的约定不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果约定的房屋属于违法建筑或者存在其他权属纠纷，那么该约定可能因违反法律强制性规定而无效。
房屋价值与工程款相当：以房抵顶工程款的约定中，房屋的价值应当与工程款相当。如果房屋价值明显低于工程款，可能构成显失公平，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
三、实际操作中的注意事项
明确约定房屋信息：在签订以房抵顶工程款的合同时，双方应当明确约定房屋的具体位置、面积、户型、产权状况等信息，以避免后续产生纠纷。
办理相关登记手续：双方应当按照法律规定办理房屋过户登记手续，以确保物权变动的合法性和有效性。如果未办理过户登记手续，房屋的所有权可能仍然属于原所有权人，导致受让方无法取得房屋所有权。
考虑税收因素：以房抵顶工程款可能涉及税收问题，双方应当了解并遵守相关税收法规，避免因税收问题产生纠纷。
四、法律后果
如果以房抵顶工程款的约定有效且符合上述条件，那么双方应当按照约定履行义务。如果一方未履行义务或者履行义务不符合约定，另一方有权要求其承担违约责任。如果约定无效或者存在其他纠纷，双方可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式解决纠纷。
在实际操作中，建议双方在签订以房抵顶工程款的合同时，咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。