公司对账函不配合，确实有监管部门可以介入。具体来说：

1. 工商行政管理部门：作为公司的登记机关，有权对公司的经营行为进行监管。如果公司拒绝配合对账函，可能涉嫌违反相关法律法规或商业惯例，工商行政管理部门有权进行调查和处理。

2. 税务部门：税务部门负责公司税务的监管和稽查。如果公司拒绝配合对账函，可能影响到税务部门对公司税务情况的准确了解，进而可能引发税务稽查或相关法律责任。

3. 行业监管部门：根据公司所在行业的不同，还可能存在特定的行业监管部门。这些部门有权对公司进行行业监管，包括对公司财务、业务等方面的检查和监督。如果公司拒绝配合对账函，可能违反行业监管规定，受到相应处罚。

4. 法律途径：如果公司拒绝配合对账函导致纠纷，相关方还可以通过法律途径解决。例如，可以向法院提起诉讼，要求公司配合对账并承担相应法律责任。法院作为司法机关，有权对公司进行法律裁判和执行。

综上所述，公司对账函不配合时，可以通过工商行政管理部门、税务部门、行业监管部门以及法律途径来寻求监管和解决方案。如果你在这方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。