公司确实晚发工资，但并非主观恶意，劳动者以拖欠工资为由解除，是否应支付补偿，需具体情况具体分析。以下是几种可能的情况及对应的法律分析：

1. 若公司晚发工资的行为已构成“未及时支付劳动报酬”：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求用人单位支付经济补偿。
   • 在此情况下，即便公司并非主观恶意，但只要晚发工资的事实成立，且劳动者以此为由解除劳动合同，公司仍需支付经济补偿。

2. 若公司晚发工资有正当理由，且已与劳动者沟通并达成一致：

   • 若公司因客观原因（如银行系统问题、财务流程延误等）导致晚发工资，并且已经提前与劳动者沟通，说明情况并达成一致意见，那么劳动者以拖欠工资为由解除劳动合同并要求经济补偿的请求可能不会被支持。
   • 在此情况下，公司应保留好与劳动者的沟通记录，以证明双方已就晚发工资问题达成一致。

3. 若公司晚发工资虽非主观恶意，但违反了劳动合同或公司规章制度：

   • 即便公司并非主观恶意，但如果晚发工资违反了劳动合同或公司规章制度的约定，劳动者仍有权以拖欠工资为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
   • 在此情况下，公司应审查自身的管理制度，确保遵守相关法律法规和劳动合同的约定。

综上所述，公司是否应支付经济补偿，取决于晚发工资的具体原因、是否与劳动者沟通并达成一致，以及是否违反了劳动合同或公司规章制度。建议公司在面临此类问题时，及时与劳动者沟通，说明情况，并尽快采取措施解决工资发放问题，以避免不必要的法律纠纷。如果你有更具体的情况或疑问，可以直接向我咨询。