结论前置：主体不明确时，依然可以确认劳动关系，但需要通过搜集证据、申请劳动仲裁或诉讼等途径来明确。

在劳动关系中，主体不明确是一个常见但复杂的问题。这通常发生在未签订书面劳动合同、劳动主体资格存在争议（如退休返聘人员、在校实习生）、或者用工形式复杂多样（如劳务派遣、非全日制用工、外包等）的情况下。尽管主体不明确，但根据法律规定和实际操作，我们依然可以通过一系列方法来确认劳动关系。

一、劳动关系确认的法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条的规定：“用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。” 这一条款明确了劳动关系的建立并不依赖于书面合同的签订，而是基于实际的用工事实。因此，即使主体不明确，只要存在用工事实，就可以确认劳动关系的存在。

二、确认劳动关系的方法

1. 搜集证据：

   • 工资支付记录：如银行工资流水、工资条等，这些可以证明劳动者与用人单位之间的经济往来。
   • 工作证、服务证等能证明劳动者身份的证件：这些证件可以证明劳动者在用人单位的工作身份。
   • 考勤记录：无论是电子还是纸质的考勤记录，都可以证明劳动者在用人单位的工作时间。
   • 同事证言：在其他证据薄弱时，同事的证言可以起到辅助作用。
   • 招用记录：如登记表、报名表等，这些可以证明劳动者与用人单位之间的招用关系。

2. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果劳动者与用人单位之间就劳动关系存在争议，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供相关证据支持自己的主张。
   • 如果对仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径来确认劳动关系。

3. 寻求劳动监察部门的帮助：

   • 劳动监察部门有权监督检查用人单位的劳动用工情况，包括劳动关系的确认。
   • 劳动者可以向劳动监察部门投诉，由其调查核实并作出处理。

三、特殊情况下的劳动关系确认

• 工伤认定：在劳动关系不明确时发生工伤事故，工伤认定机构可能要求先明确劳动关系。此时，劳动者应通过仲裁或诉讼程序先行确定劳动关系，以便后续进行工伤认定和赔偿。
• 退休返聘人员、在校实习生等：这些特殊主体的劳动关系确认可能存在争议。但根据法律规定和实际操作，只要他们与用人单位之间存在实际的用工事实，就可以确认劳动关系的存在。

四、法律建议

• 对于劳动者而言，在劳动关系不明确的情况下，应积极搜集证据，通过合法途径来确认劳动关系，以维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，应遵守法律规定，与劳动者签订书面劳动合同，并建立职工名册备查，以避免不必要的法律纠纷。

举例说明：假设小张在一家公司工作但未签订书面劳动合同，后来因工资待遇问题与公司产生纠纷。此时，小张可以通过搜集工资支付记录、工作证、考勤记录等证据，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，确认自己与公司的劳动关系。如果仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼。

总之，主体不明确时并不影响劳动关系的确认。只要存在用工事实，并通过合法途径搜集证据、申请仲裁或诉讼等，就可以明确劳动关系的存在。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。