事业单位工作人员自动离职，其后果主要依据《事业单位人事管理条例》、《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，并结合事业单位的内部规章制度来处理，通常会导致人事关系解除、社保缴纳中断、失去工资福利等待遇，并可能对后续求职和职业声誉产生不利影响。以下是对此问题的详细分析：

一、自动离职的定义与认定

自动离职，一般指的是事业单位工作人员在未获得单位批准的情况下，擅自离开工作岗位，并持续一定时间（如连续旷工超过15个工作日，或一年内累计旷工超过30个工作日），或者未按照规定的程序办理离职手续的行为。这种行为被视为违反劳动合同的约定和单位的规章制度，事业单位有权依据相关规定进行处理，可能导致人事关系的解除。

二、自动离职的情形

事业单位自动离职的情形包括但不限于以下几种：

1. 未经允许擅自离岗：员工未经请假擅自离岗，且离岗时间超过规定期限。
2. 请假逾期不归：员工请假后逾期不归，且在单位教育和书面通知后仍不返岗。
3. 严重违反规章制度：员工经常迟到早退、擅自离岗等，且经单位处理后仍不改正，单位有权依据规章制度给予处分，甚至视为自动离职。

三、自动离职的处理与后果

对于自动离职的员工，事业单位可依据内部规章制度和相关法律法规采取以下处理措施：

1. 行政处分：如警告、记过、降级等，以维护单位秩序和工作纪律。
2. 解除劳动合同：若自动离职行为严重，单位可依法解除劳动合同。根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位可以解除聘用合同。员工将因此失去工作及相关经济补偿。
3. 追究法律责任：对给单位造成经济损失的员工，单位有权要求其承担赔偿责任。

自动离职对员工的影响是多方面的：

• 人事关系解除：员工与事业单位的人事关系将因此解除，可能影响其未来的职业发展。
• 社保缴纳中断：自动离职可能导致社保缴纳的连续性中断，影响员工的社保权益。
• 失去工资福利等待遇：员工将失去在事业单位的工资、福利等待遇。
• 职业声誉受损：自动离职行为可能对员工的职业声誉产生不利影响，影响其后续求职。

四、特殊情况与争议处理

1. 正当理由：若员工因不可抗力（如自然灾害、重大疾病）导致无法及时履行请假手续，不应简单认定为自动离职。员工应在情况允许时尽快向单位说明情况并提供证明，以避免不必要的纠纷。
2. 争议解决：员工对自动离职认定有异议时，可通过申诉、仲裁程序维护权益。一般先向单位人事争议调解组织申请调解，调解不成可向当地人事争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不服还可向人民法院提起诉讼。

五、注意事项与建议

1. 了解内部规章制度：员工应仔细阅读并了解单位的内部规章制度，明确自动离职的条件和处理方式，以避免因不了解规定而遭受不必要的损失。
2. 协商解决：员工在离职时应尽量与单位协商解决，遵守相关法律法规，避免不必要的纠纷。若确实需要离职，应按照规定的程序办理离职手续。
3. 经济补偿问题：由于自动离职是员工单方面违反劳动纪律或单位规章制度的行为，单位通常无需支付经济补偿金。员工应对此有清晰的认识，避免在离职时产生不切实际的期望。

综上所述，事业单位工作人员自动离职是一个需要严格依法依规处理的问题。员工应严格遵守劳动合同和单位规章制度，避免擅自离职行为的发生；事业单位也应完善内部管理制度，确保处理自动离职问题时程序合法、公正合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。