核心结论：在同一股东的两个企业工作过，涉及赔偿问题主要需考虑劳动关系认定及赔偿项目计算两方面，具体如下：

1. 劳动关系认定
   • 若两个企业为独立法人：从法律层面看，它们是相互独立的主体。员工先后与这两个企业建立劳动关系，那么在每个企业工作期间的相关权益和责任是分别独立的。例如，员工先在A企业工作，后离职到B企业工作，在A企业工作期间产生的劳动纠纷，如未签劳动合同双倍工资、违法解除劳动合同赔偿金等，只能向A企业主张；在B企业工作期间产生的类似纠纷，则只能向B企业主张。
   • 若两个企业存在关联关系且被认定为混同用工：在实践中，如果两个企业在实际运营中存在人员、财务、业务等方面高度混同，可能会被认定为混同用工。在这种情况下，员工可以要求两个企业对其承担连带责任。比如，两个企业办公地点相同、管理人员相同、财务统一核算，员工同时为两个企业提供劳动，当出现拖欠工资等情况时，员工既可以向其中一个企业主张权利，也可以要求两个企业共同承担责任。不过，要认定混同用工需要充分的证据支持，如工作安排记录、工资发放凭证、考勤记录等能体现两个企业混同管理的证据。
2. 赔偿项目计算
   • 经济补偿金或赔偿金：如果是合法解除劳动合同，经济补偿金按照员工在该企业的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果是违法解除劳动合同，赔偿金则是经济补偿金的两倍。例如，员工在A企业工作了3年，月工资为5000元，合法解除劳动合同应支付的经济补偿金为3×5000 = 15000元；若违法解除，则应支付赔偿金30000元。在计算在两个企业工作应得的赔偿时，需分别按照在每个企业的工作年限和工资标准进行计算。
   • 未签劳动合同双倍工资：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与员工订立书面劳动合同的，应当向员工每月支付二倍的工资。如果员工在两个企业工作期间都存在未签劳动合同的情况，那么可以分别向这两个企业主张未签劳动合同的双倍工资差额。但要注意仲裁时效问题，一般从员工知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算一年。
   • 加班费、未休年休假工资等：加班费按照员工加班的时间和相应的工资标准进行计算，未休年休假工资按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付员工正常工作期间的工资收入。这些费用同样是根据员工在每个企业的工作情况分别计算和主张。

如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，欢迎直接向我咨询。