公司不合理扣绩效，是可以申请劳动仲裁的。以下从多个角度为你详细分析并给出建议：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，其扣除应当遵循合法、合理、公平的原则。如果公司无正当理由，单方面不合理扣除绩效工资，就可能构成违法行为。
申请劳动仲裁的条件与流程
条件：
- 你与公司之间存在劳动关系；
- 公司存在不合理扣除绩效工资的行为；
- 你已经尝试与公司协商解决，但未能达成一致意见。
流程：
- 准备证据：收集与绩效工资相关的证据，如劳动合同、工资条、绩效考核表、公司扣除绩效的通知或记录等。这些证据将用于证明公司存在不合理扣除绩效工资的行为。
- 提交申请：向当地劳动仲裁委员会提交劳动仲裁申请，并附上相关证据。申请中应明确你的仲裁请求，如要求公司支付被扣除的绩效工资、赔偿金等。
- 参与仲裁：按照劳动仲裁委员会的通知，参与仲裁庭审。在庭审中，你可以陈述事实、提供证据，并反驳公司的抗辩理由。
- 等待裁决：劳动仲裁委员会将根据双方提供的证据和陈述，作出裁决。如果裁决支持你的请求，公司应当履行裁决义务。
可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果劳动仲裁委员会裁决公司支付被扣除的绩效工资，公司应当履行裁决义务。否则，你可以向法院申请强制执行。
- 如果公司存在恶意拖欠、克扣工资等违法行为，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
建议：
- 与公司协商：在申请劳动仲裁前，你可以尝试与公司进行协商，寻求和解。这有助于节省时间和精力，同时维护良好的劳动关系。
- 咨询专业律师：如果你对劳动仲裁流程或相关法律条款不熟悉，可以咨询专业律师。律师可以为你提供法律建议、协助准备证据、参与仲裁庭审等。
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好与绩效工资相关的所有证据。这些证据将是你维护自己权益的重要武器。
特殊情况下的处理
如果公司扣除绩效工资是基于合理的绩效考核制度，且该制度已经向你明确告知并经过你的同意，那么公司的行为可能不构成违法。在这种情况下，你需要仔细审查绩效考核制度的内容，评估其合理性和合法性。如果认为制度存在问题，你可以与公司进行沟通协商，或者寻求法律途径解决。
总之，公司不合理扣绩效是可以申请劳动仲裁的。在申请前，请务必收集好相关证据，并了解清楚劳动仲裁的流程和法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。