结论：旷工扣3000元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同或公司规章制度的角度分析
若劳动合同或公司规章制度中有明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，包括扣款的具体数额或计算方式，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照此规定扣除旷工员工3000元，可能是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项，只要这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
若劳动合同或公司规章制度中无明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定旷工的处罚措施，或者规定不明确，那么公司擅自扣除旷工员工3000元，可能缺乏合法依据。
- 建议：在这种情况下，员工可以与公司进行协商，要求公司说明扣款的依据和合理性。如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
二、从扣款数额是否合理的角度分析
扣款数额应合理：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有明确规定旷工的处罚措施，扣款数额也应合理，不能过分高于员工旷工给公司造成的实际损失。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
具体计算方式（假设员工月工资为X元）：
- 如果公司按照旷工一天扣除一定比例的工资，那么扣除的数额应不超过员工当月工资的20%（即0.2X元）。如果旷工多天，则累计扣除的数额也应在这个范围内。
- 示例：假设员工月工资为5000元，旷工一天，公司扣除的数额应不超过1000元（即5000元的20%）。如果旷工三天，扣除的数额应不超过3000元中的合理部分（即仍需考虑是否超过当月工资的20%或剩余工资是否低于最低工资标准）。但直接扣除3000元，很可能超出合理范围。
三、从公司操作程序是否合法的角度分析
公司应履行告知义务：
- 公司在扣除旷工员工工资前，应履行告知义务，明确告知员工扣款的依据、数额和原因。
- 建议：如果公司未履行告知义务，员工可以要求公司说明情况，并有权拒绝不合理的扣款。
公司应保留相关证据：
- 公司应保留员工旷工的相关证据，如考勤记录、请假单等，以便在发生争议时提供证明。
- 建议：如果公司无法提供充分证据证明员工旷工，那么扣除工资的行为可能缺乏合法依据。
总结与建议：旷工扣3000元是否合法，需结合劳动合同或公司规章制度、扣款数额是否合理以及公司操作程序是否合法等多个因素进行判断。如果您面临此类情况，建议先与公司进行协商，要求公司说明扣款的依据和合理性。如果协商无果，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。