结论：在您有股权协议书且有出资，但未登记注册合伙企业的情况下，要申请法院确认合伙关系，是可行的，但需要满足一定条件并准备充分的证据。以下是对此问题的详细分析：

一、合伙关系的认定依据

1. 合伙协议：

   • 合伙协议是认定合伙关系的重要依据。您手中的股权协议书，若实质上包含了合伙协议的核心要素，如共同出资、共同经营、共享收益、共担风险等，且各方意思表示真实，那么该协议书可以作为认定合伙关系的重要证据。

2. 实际出资：

   • 实际出资是合伙关系成立的重要条件之一。您已经实际出资，这进一步证明了您参与合伙的意愿和实际行动，是确认合伙关系的重要事实依据。

3. 实际经营行为：

   • 除了协议和出资外，实际参与合伙企业的经营行为也是认定合伙关系的关键。如果您或您与其他合伙人共同参与了企业的经营管理、决策制定等，这些行为都可以作为确认合伙关系的辅助证据。

二、申请法院确认合伙关系的流程

1. 准备证据材料：

   • 收集并整理股权协议书、出资证明、实际经营行为的证据（如会议记录、决策文件、财务记录等），以及可能的其他相关证据（如聊天记录、邮件往来等），以证明您与其他合伙人之间存在合伙关系。

2. 向法院提起诉讼：

   • 在准备好证据材料后，您可以向有管辖权的法院提起诉讼，请求法院确认您与其他合伙人之间的合伙关系。在起诉时，需要明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。

3. 法院审理与判决：

   • 法院在受理案件后，将依法进行审理。审理过程中，法院将审查您提供的证据材料，听取双方当事人的陈述和辩论，并根据法律规定和事实情况作出判决。如果法院认定您与其他合伙人之间存在合伙关系，将依法确认该关系。

三、可能面临的法律后果及建议

1. 法律后果：

   • 如果法院确认您与其他合伙人之间存在合伙关系，那么您将享有合伙人的权利，如参与决策、分享收益等，同时也需要承担合伙人的义务，如共担风险、遵守合伙协议等。
   • 如果法院未确认合伙关系，那么您可能需要考虑其他法律途径来维护自己的权益，如依据股权协议书追究违约责任等。

2. 建议：

   • 在申请法院确认合伙关系前，建议您先与其他合伙人进行协商，尝试通过友好方式解决争议。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
   • 在准备证据材料时，务必确保材料的真实性和完整性。如有必要，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。

最后，申请法院确认合伙关系是一个复杂且需要谨慎处理的过程。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。