结论概述：企业股东在出资时未备注投资款，但确有出资的，法院在认定时会综合考虑多个因素，包括出资的实际性质、股东间的约定、公司章程及工商登记等，以确定该出资是否应被认定为股东的出资。
详细分析：
出资的实际性质：
- 法院首先会审查出资的实际性质，即该笔款项是否确实用于公司的运营或发展，而非股东个人的其他用途。如果股东能够提供充分的证据证明该笔款项是作为出资投入公司的，如转账记录、公司财务记录等，那么即使未备注“投资款”，法院也可能认定其为股东的出资。
股东间的约定：
- 股东之间的约定也是法院认定出资性质的重要依据。如果股东之间有明确的出资协议或约定，即使未在转账时备注“投资款”，但根据协议内容，该笔款项应被视为股东的出资，那么法院通常会尊重股东间的约定，并据此进行认定。
公司章程及工商登记：
- 公司章程和工商登记是公司法律地位的重要证明文件。如果公司章程或工商登记中明确记载了股东的出资情况，包括出资额、出资方式等，那么即使股东在出资时未备注“投资款”，但根据章程或登记内容，该笔款项应被视为股东的出资，法院也会据此进行认定。
可能的法律后果：
- 如果法院最终认定该笔款项为股东的出资，那么股东将享有相应的股东权益，如分红权、表决权等。
- 如果法院认定该笔款项并非股东的出资，而是股东与公司的其他往来款项，那么股东可能无法享有相应的股东权益，甚至可能面临被要求返还该笔款项的风险。
法律建议：
- 完善出资手续：为了避免类似的纠纷，建议股东在出资时务必在转账备注中明确注明“投资款”或类似字样，并保留好相关的出资证明文件，如转账记录、公司收据等。
- 签订出资协议：股东之间可以签订出资协议，明确各自的出资额、出资方式、出资时间等，以作为未来认定出资性质的依据。
- 遵守公司章程和工商登记：股东应严格遵守公司章程和工商登记的规定，确保自己的出资情况与公司章程和工商登记的内容一致。
特殊情况说明：
- 如果股东在出资时确实未备注“投资款”，且无法提供其他充分证据证明该笔款项是作为出资投入公司的，那么法院可能会根据其他相关证据和事实情况，综合判断该笔款项的性质。在这种情况下，股东可能面临一定的法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。