合同中同时约定三种工作时制（如标准工时制、不定时工作制、综合计算工时工作制）的效力及处理方式需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若三种工时制均符合法定适用条件，且约定明确、不冲突，可能被认定为有效，但需以实际履行为准

   • 根据《劳动法》第36-39条及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，不同工时制有明确适用范围：
     
     • 标准工时制：每日工作8小时、每周40小时，适用于大多数岗位；
       
     • 不定时工作制：需经劳动行政部门审批，适用于高管、外勤、长途运输等无法按标准工时衡量的岗位；
       
     • 综合计算工时制：需审批，适用于交通、铁路、旅游等受季节或周期影响需集中工作的岗位。
       
   • 若合同同时约定三种制度，但明确约定“某岗位适用A制度，另一岗位适用B制度”，且符合审批要求，则可能被认可；但若未区分岗位或约定模糊，可能因“约定不明”被认定为无效，默认适用标准工时制。
     

2. 若三种工时制约定冲突（如同一岗位同时约定标准工时和不定时工时），则部分或全部条款可能无效

   • 例如，合同约定“员工实行标准工时制，但无需考勤、可自行安排工作时间”，此类矛盾条款可能因违反《劳动法》第3条“劳动者享有休息休假权利”而被认定无效，企业仍需按标准工时制支付加班费。
     
   • 若企业未依法审批不定时或综合计算工时制，却直接在合同中约定，该条款因违反行政法规强制性规定而无效，员工仍有权主张标准工时制下的权益（如加班费）。
     

3. 员工可采取的应对措施

   • 核查审批文件：要求企业出示不定时或综合计算工时制的审批文件，若无法提供，则合同中相关条款无效；
     
   • 保留证据：保存考勤记录、工资条、工作安排通知等，证明实际工作时间是否超出法定标准；
     
   • 主张权益：若企业未按约定工时制支付加班费或安排休息，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补发工资、经济补偿等。
     

建议：若合同中工时制约定模糊或存在冲突，可与企业协商修改合同；若企业拒绝调整，可依法维权。如有具体合同条款或实际履行情况需分析，可直接向我咨询。