工厂扣税是否合法，这主要取决于扣税的具体情况和依据。首先，我们需要明确的是，依法纳税是每个企业和公民的基本义务，这是由我国的税收征收管理法、个人所得税法、企业所得税法等法律法规所明确规定的。
对于工厂而言，其经营活动一旦产生应税行为并取得收入，无论是否开具发票，都负有依法纳税申报的义务。这意味着，工厂在经营过程中，如果产生了应税收入，那么按照法律规定，它必须进行相应的税务申报和缴纳税款。
现在，我们回到问题本身，工厂扣税是否合法。这实际上取决于几个关键因素：
扣税的依据：工厂扣税必须有明确的法律依据，即它必须按照税收法律法规的规定进行扣税。如果工厂扣税没有法律依据，或者扣税的方式、金额与法律规定不符，那么这种扣税行为就是不合法的。
扣税的程序：除了依据之外，扣税的程序也必须合法。工厂在扣税时，必须遵循税收法律法规规定的程序，如进行税务申报、缴纳税款等。如果工厂在扣税过程中违反了这些程序，那么这种扣税行为也可能被视为不合法。
扣税的合理性：即使工厂扣税有法律依据且程序合法，但如果扣税的金额或方式明显不合理，也可能引发争议。例如，如果工厂以不合理的理由或方式对员工进行扣税，或者扣税的金额过高，那么这种扣税行为也可能被视为不合法或不合理。
举例来说，如果工厂按照税收法律法规的规定，对员工的工资收入进行了合理的个人所得税扣缴，并且扣缴的程序也符合规定，那么这种扣税行为就是合法的。相反，如果工厂没有法律依据或程序不合法地对员工进行扣税，或者扣税的金额过高、方式不合理，那么这种扣税行为就是不合法的。
此外，还需要注意的是，不开票收入绝不是法外收入。企业的经营活动一旦产生应税行为并取得收入，无论是否开具发票，都负有依法纳税申报的义务。因此，工厂不能以未开具发票为由逃避纳税义务。
综上所述，工厂扣税是否合法取决于扣税的依据、程序和合理性。如果工厂在扣税过程中遵循了税收法律法规的规定，并且扣税的方式和金额合理，那么这种扣税行为就是合法的。否则，就可能被视为不合法或不合理。因此，建议工厂在扣税时务必遵循相关法律法规的规定，确保扣税的合法性和合理性。