结论：父母去世后，房屋拆迁协议是否可以由姐妹分开处理，这主要取决于房屋的产权归属以及姐妹之间是否就拆迁权益的分配达成一致。以下从不同情况进行分析：
一、房屋产权归属父母，且未留下遗嘱
继承权分析：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母去世后，其遗产（包括房屋）应由其法定继承人继承。在无遗嘱的情况下，法定继承人通常包括配偶、子女、父母等。若父母已去世且无其他第一顺序继承人（如配偶、祖父母、外祖父母均已去世），则房屋由子女（即姐妹）共同继承。
拆迁协议处理：
- 若房屋由姐妹共同继承，则拆迁协议中的权益也应由姐妹共同享有。姐妹之间可以协商，根据各自的继承份额来分配拆迁补偿款或安置房等权益。若协商不成，可以通过法律途径解决，如提起继承纠纷诉讼。
二、房屋产权归属父母，但父母留下遗嘱
遗嘱效力分析：
- 若父母在生前留下了有效的遗嘱，明确了房屋的继承方式或分配比例，则应按照遗嘱的内容来执行。
拆迁协议处理：
- 根据遗嘱的内容，姐妹之间应按照遗嘱确定的份额来分配拆迁权益。若遗嘱中未明确提及拆迁权益的分配，但明确了房屋的继承份额，则拆迁权益也应按照该份额进行分配。
三、房屋产权已转移至某一姐妹名下
产权变更分析：
- 若在父母去世前，房屋产权已经通过买卖、赠与等方式转移至某一姐妹名下，则该房屋不再属于父母的遗产，其他姐妹无权要求分割。
拆迁协议处理：
- 在此情况下，拆迁协议中的权益应由房屋产权人（即该姐妹）单独享有。其他姐妹无权要求参与分配。
四、姐妹之间就拆迁权益分配达成协议
协议效力分析：
- 无论房屋产权归属如何，姐妹之间都可以就拆迁权益的分配达成协议。该协议只要内容合法、双方自愿，即具有法律效力。
拆迁协议处理：
- 根据姐妹之间达成的协议，拆迁权益应按照协议的内容进行分配。若协议中明确规定了各自应得的份额或具体分配方式，则应按照协议执行。
建议：
- 在处理此类问题时，建议姐妹之间首先进行协商，尽量达成一致意见。
- 若协商不成，可以寻求第三方调解或法律途径解决。
- 在处理过程中，应注意保留相关证据，如房屋产权证、遗嘱、拆迁协议等，以便在需要时提供证明。
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