运输合同纠纷的管辖依据主要遵循“协议管辖优先，法定管辖补充”的原则，具体依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关特殊规定来确定。以下是对此问题的详细解答：
一、协议管辖优先
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。这意味着，在运输合同中，双方当事人可以在合同中明确约定发生纠纷时由哪个法院管辖。这种约定具有法律效力，且优先于法定管辖。
举例说明：如果运输合同中明确约定了“因本合同产生的任何争议，均由甲方（托运人）所在地人民法院管辖”，那么在发生纠纷时，就应当按照这一约定来确定管辖法院。
二、法定管辖补充
在没有协议管辖或协议无效的情况下，根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，运输合同纠纷的管辖法院确定方式如下：
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。在运输合同中，被告住所地通常指运输公司或承运人的注册地或主要营业地；而合同履行地则可能涉及运输始发地、目的地或运输过程中货物经过的其他地点。
特殊规定：
- 铁路运输合同纠纷：根据《最高人民法院关于审理铁路运输人身损害赔偿纠纷案件适用法律若干问题的解释》第三条，赔偿权利人要求对方当事人承担侵权责任的，由事故发生地、列车最先到达地或者被告住所地铁路运输法院管辖；赔偿权利人依照民法典要求承运人承担违约责任予以人身损害赔偿的，由运输始发地、目的地或者被告住所地铁路运输法院管辖。
- 公路运输合同纠纷：虽然《民事诉讼法》本身未对公路运输合同纠纷的管辖作出特别规定，但根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十八条，合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地。合同对履行地点没有约定或者约定不明确，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。
- 水路运输合同纠纷与航空运输合同纠纷：这两类运输合同纠纷的管辖法院确定方式相对复杂，可能涉及专属管辖等特殊情况。例如，海事法院可能对某些水路运输合同纠纷具有专属管辖权。在具体案件中，需要参考相关法律法规和司法解释来确定管辖法院。
三、确定管辖法院的考虑因素
在选择管辖法院时，当事人还应考虑以下因素：
- 方便当事人诉讼：选择距离当事人较近、交通便利的法院，能够减少诉讼成本和时间成本。
- 便于法院查明事实：运输合同纠纷涉及运输过程中的具体情况，如货物的装卸、运输路线等。选择与运输活动有密切联系的地点的法院，更便于法院实地调查、收集证据。
- 诉讼策略：当事人在选择管辖法院时，还应考虑对方当事人的所在地、法院的专业性和审判倾向等因素，以制定更有利的诉讼方案。
四、实践建议
- 明确管辖条款：在签订运输合同时，建议明确约定管辖法院，以减少后续纠纷。同时，确保约定的管辖法院符合法律法规的要求，避免无效约定。
- 及时提起诉讼：在发生纠纷后，当事人应及时在法定的诉讼时效范围内提起诉讼，并准备好充分的证据材料，以提高胜诉的概率。
综上所述，运输合同纠纷的管辖问题涉及多个方面，需要综合考虑法律规定、实际情况和诉讼策略。当事人在选择管辖法院时，应谨慎行事，以确保自身权益得到有效保障。如果您在运输合同纠纷管辖方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。