在确定运输合同纠纷的管辖法院时，我们主要遵循“约定优先，无约定从法定”的原则，同时还需要考虑一些特殊情况。以下是对这一问题的详细解答：

一、约定优先原则

如果运输合同的双方当事人在合同中已经明确且合法地约定了管辖法院，并且该约定不违反民事诉讼法关于级别管辖和专属管辖的规定（即约定必须是书面形式，且对管辖法院作出明确的指定），那么当纠纷发生时，我们应首先按照合同中的约定来确定管辖法院。有效的约定管辖将优先于法定管辖规则适用。

二、法定管辖原则

在没有约定或约定无效的情况下，我们需要依据法定管辖原则来确定管辖法院。这主要包括以下几点：

1. 被告住所地法院管辖：

   • 对于法人或其他组织，其住所地是指主要办事机构所在地；若主要办事机构所在地不能确定，则注册地或登记地为住所地。
   • 对于自然人，其住所地是户籍所在地；经常居住地与户籍所在地不一致的，经常居住地视为住所地（连续居住一年以上，住院就医除外）。
   • 无论运输合同是否履行，被告住所地法院均具有管辖权。

2. 合同履行地法院管辖：

   • 如果合同已经履行，合同履行地法院具有管辖权。
   • 如果合同未履行，但双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权；否则，合同履行地法院无管辖权。

3. 运输始发地、目的地法院管辖：

   • 因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，可以由运输始发地（货物起运地或旅客出发地）或目的地（货物最终到达地或旅客最终到达地）的人民法院管辖。

三、特殊情况

除了上述一般原则外，还有一些特殊情况需要考虑：

1. 铁路运输法院专门管辖：在铁路运输合同纠纷中，由铁路运输法院专门管辖，这些法院有自己相对独立的管辖范围和体系。

2. 联合运输中的选择权：在联合运输中，如果同时存在多种运输方式，且法律未对管辖法院作出具体规定，当事人可以选择有管辖权的法院提起诉讼。例如，如果联合运输中既涉及海运又涉及铁路运输，那么与海事有关的纠纷可以由海事法院管辖，与铁路运输有关的纠纷可以由铁路运输法院管辖。同时存在多种运输方式且法律未作出具体规定的，可由当事人选择法院管辖。

四、实践建议

1. 正确选择管辖法院：当事人在签订运输合同时，应充分考虑可能发生的纠纷和诉讼成本，合理约定管辖法院。如果未约定或约定无效，则应根据法定管辖原则选择合适的法院进行起诉。

2. 多元纠纷解决机制：除了诉讼外，当事人还可以考虑协商、调解、仲裁等其他纠纷解决方式。这些方式可能更加高效、经济，有助于快速解决纠纷并维护当事人的合法权益。

综上所述，运输合同纠纷的管辖法院确定是一个复杂而重要的问题。当事人应充分了解管辖原则，结合自身实际情况进行仔细分析和判断，以选择合适的法院进行起诉并维护自己的合法权益。