关于民事诉讼法中运输合同纠纷的管辖问题，结论如下：

运输合同纠纷的管辖主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关特殊规定来确定，遵循“协议管辖优先，法定管辖补充”的原则。以下是对这一问题的详细分析：

一、协议管辖优先

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。这意味着，如果运输合同中已经明确约定了管辖法院，且该约定合法有效，那么应当优先按照协议确定管辖法院。例如，双方可以约定由合同签订地、原告住所地或标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。

二、法定管辖补充

在没有协议管辖或协议无效的情况下，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。具体来说：

1. 运输始发地：指货物或旅客开始运输的地点，如托运人将货物交给承运人装车的地点。
2. 目的地：指货物或旅客最终要到达的地点，如货物运输的最终卸货地。
3. 被告住所地：包括被告的户籍所在地、经常居住地或法人、其他组织的主要办事机构所在地。

三、特殊情况下的管辖

1. 海上运输合同纠纷：根据《海事诉讼特别程序法》，海上运输合同纠纷由海事法院专属管辖。这是基于海上运输的法律关系和纠纷处理的专业性而设立的专门管辖制度。
2. 以信息网络方式订立的运输合同：如果运输合同是通过信息网络方式订立的，并且涉及实际交付标的（如通过快递运输的商品），则收货地可以视为合同履行地。因此，收货地法院对这类纠纷也有管辖权。

四、确定管辖法院的考虑因素

在选择管辖法院时，当事人应综合考虑以下因素：

1. 方便当事人诉讼：选择距离当事人较近、交通便利的法院，能够减少诉讼成本和时间成本。例如，原告在运输目的地生活或经营，选择运输目的地法院会更为方便。
2. 便于法院查明事实：运输合同纠纷涉及运输过程中的具体情况，如货物的装卸、运输路线等。选择与运输活动有密切联系的地点的法院，更便于法院实地调查、收集证据。例如，货物损坏纠纷中，运输目的地法院更方便对货物状况进行勘查。
3. 诉讼策略：当事人在选择管辖法院时，还应考虑对方当事人的所在地、法院的专业性和审判倾向等因素，以制定更有利的诉讼方案。

五、实践建议

1. 明确管辖条款：在签订运输合同时，建议明确约定管辖法院，以减少后续纠纷。同时，确保约定的管辖法院符合法律法规的要求，避免无效约定。
2. 及时提起诉讼：在发生纠纷后，当事人应及时在法定的诉讼时效范围内提起诉讼，并准备好充分的证据材料，以提高胜诉的概率。

举例说明：假设甲公司（托运人）与乙公司（承运人）签订了一份公路运输合同，约定由乙公司将货物从A地运至B地。在运输过程中，货物发生损坏。甲公司欲提起诉讼，此时可以选择由运输始发地（A地）、目的地（B地）或被告住所地（乙公司所在地）的人民法院管辖。如果合同中明确约定了管辖法院，则应按照约定确定管辖法院。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。