工程咨询合同发生重大变更时，增加费用的核心依据是合同约定与法律规定，需通过协商、补充协议或法定程序明确费用调整机制。具体分析如下：

1. 合同有明确变更条款时
   若原合同已约定“重大变更的定义、费用调整方式（如按工作量比例、成本加成等）”，双方应按合同执行。例如：合同约定“因设计变更导致咨询范围扩大超20%时，费用按新增部分工时的1.5倍计算”，则直接适用该条款。此时需注意：

   • 变更内容是否属于合同约定的“重大变更”范围；
     
   • 费用计算方式是否明确（如单价、总价、成本构成等）；
     
   • 变更程序是否合规（如是否需书面确认、是否经双方授权代表签字等）。

2. 合同无明确条款时
   若合同未约定或约定模糊，需依据《民法典》第510条“合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充”处理：

   • 协商优先：双方应就变更内容、费用调整进行协商，形成书面补充协议。例如：因政策调整导致咨询标准提高，双方可协商按实际增加的成本（如人工、材料）分摊费用。
     
   • 参照行业惯例：若协商未果，可参考工程咨询行业惯例或类似项目收费标准。例如：国际工程咨询中，FIDIC合同条件通常规定“因雇主原因导致的变更，咨询方有权获得合理利润补偿”。
     
   • 法定原则：根据《民法典》第513条“执行政府定价或指导价的，在合同约定的交付期限内政府价格调整时，按交付时价格计价”，若咨询费受政府定价约束，需按新标准执行。

3. 费用增加的合理性审查
   无论合同是否有约定，费用增加均需满足“合理性”要求：

   • 因果关系：变更与费用增加需存在直接因果关系（如设计变更导致咨询工作量增加，而非咨询方自身效率问题）；
     
   • 证据支持：需提供变更通知、工作量记录、成本凭证等证据（如变更前后的咨询报告、工时表、采购发票）；
     
   • 避免滥用：不得以变更为由擅自提高费用，否则可能构成违约或欺诈。

建议行动步骤：

1. 立即书面通知对方变更事项，并附变更依据（如设计图纸修改、政策文件）；
   
2. 整理变更前后的工作量对比、成本明细，计算合理费用增加额；
   
3. 与对方协商签订补充协议，明确变更内容、费用及支付方式；
   
4. 若协商不成，可依据合同争议解决条款（如仲裁、诉讼）主张权利。
   

若涉及复杂变更或大额费用调整，建议进一步提供合同文本、变更文件等材料，以便针对性分析。