核心结论：工程后期工作内容发生变更时，若要重新申请原合同作废，通常不能直接实现，但可通过协商变更合同或解除合同并重新签订新合同的方式处理。以下是具体分析：

1. 合同变更的合法途径
   根据《民法典》第五百四十三条，合同变更需双方协商一致并采用书面形式。若工作内容变更属于合同实质性条款（如工程范围、质量标准、价款等），双方应签订补充协议明确新内容，原合同中与变更无关的部分仍有效。例如，原合同约定施工范围为A区域，现需扩展至B区域，双方可就新增部分签订补充协议，而非直接作废原合同。

2. 合同解除的法定情形
   若工作内容变更导致合同目的无法实现（如设计重大调整使原工程失去意义），可依据《民法典》第五百六十三条主张解除合同。但需注意：

   • 协商解除：双方达成一致后签订解除协议，明确权利义务终止时间及后续处理方式（如已完工部分结算、违约责任等）。
     
   • 法定解除：需证明存在不可抗力、迟延履行等法定情形，且解除通知需送达对方。若对方有异议，可能需通过诉讼或仲裁确认解除效力。

3. 原合同“作废”的替代方案
   直接申请原合同作废在法律上缺乏依据，但可通过以下方式实现类似效果：

   • 签订新合同替代原合同：双方协商终止原合同，并就新工作内容重新签订合同，明确原合同自新合同生效时失效。
     
   • 补充协议覆盖原条款：在补充协议中约定“除本协议变更内容外，原合同其他条款继续有效”，但需确保变更部分不违反法律强制性规定。

4. 操作建议

   • 固定证据：保存工作内容变更的书面通知、会议纪要、设计图纸等材料，证明变更事实及双方协商过程。
     
   • 书面确认：所有变更或解除协议均需采用书面形式，避免口头约定导致举证困难。
     
   • 专业协助：若涉及复杂条款（如价款调整、工期顺延），建议委托律师起草或审核协议，防范法律风险。

温馨提示：合同变更或解除可能涉及违约责任、结算争议等问题，建议根据具体变更内容及合同条款，进一步分析法律后果后再行动。若有疑问，可直接向我咨询具体操作方案。