商家购买两单超时，赔偿问题需分情况讨论，具体如下：

1. 若商家与消费者之间有明确的合同约定
   根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。若合同中明确约定了超时交付的赔偿标准（如按订单金额的一定比例支付违约金），则商家需按约定赔偿两单的违约金。
   示例：合同约定“超时每单赔偿订单金额的10%”，若两单金额均为100元，则商家需赔偿20元。

2. 若合同未约定赔偿标准，但超时给消费者造成实际损失
   根据《民法典》第五百八十四条，损失赔偿额应相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的损失。此时消费者需举证证明实际损失（如因超时导致的额外交通费、误工费等），商家需按实际损失赔偿两单的损失。
   示例：消费者因超时额外支付了20元打车费，商家需赔偿两单共40元（若两单均导致相同损失）。

3. 若商家为电商平台卖家，且平台规则有特殊规定
   部分电商平台（如淘宝、京东）的规则中可能直接规定超时赔偿标准（如“超时未发货，每单赔偿订单金额的5%，最高不超过50元”）。此时商家需按平台规则赔偿两单的违约金，即使合同未约定或消费者未举证实际损失。
   示例：平台规则规定“超时每单赔偿5元”，则商家需赔偿两单共10元。

4. 若商家为快递服务提供者，且超时属于快递服务违约
   根据《快递暂行条例》第二十七条，快件延误、丢失、损毁或内件短少的，对保价快件，应按保价额赔偿；对未保价快件，应依照民事法律有关规定赔偿。若消费者未保价，商家需按实际损失赔偿（如商品价值、运费等）；若保价，则按保价额赔偿两单的损失。
   示例：消费者保价两单商品共2000元，快递超时导致商品损坏，商家需赔偿2000元。

建议：

• 消费者可先查看合同或平台规则，明确赔偿标准；若无约定，需保留超时证据（如订单截图、沟通记录）及实际损失证据（如发票、支付记录）。
  
• 商家应严格履行合同或平台规则，避免超时；若已超时，建议主动与消费者协商赔偿，减少纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的赔偿问题。