针对您提出的“借款合同约定有违约金条款主债权诉讼时效如何计算”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，借款合同中约定的违约金条款，其诉讼时效的计算与主债权的诉讼时效计算原则上是相一致的。这主要依据的是《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的相关规定。

一、基本诉讼时效规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于借款合同中的违约金条款。也就是说，从权利人知道或应当知道其权利受到损害（即对方违约）以及义务人（即违约方）之日起，三年内需要向人民法院提起诉讼，否则将丧失该请求权。

二、诉讼时效的起算时间

1. 一般情形：

   • 在借款合同中，如果一方违反合同约定（如未按期还款），导致另一方遭受损失（如利息损失、违约金等），则受损方从知道或应当知道这一事实之日起开始计算诉讼时效。

2. 特殊情形：

   • 如果借款合同中明确约定了还款期限，那么诉讼时效从还款期限届满之日起计算。例如，合同中约定了具体的还款日期，但对方未按期还款，则从该还款日期届满之日起开始计算诉讼时效。
   • 如果借款合同没有约定还款期限，或者还款期限不明确，且依据法律规定或当事人约定不能确定还款期限的，则诉讼时效期间从债权人要求债务人履行还款义务的宽限期届满之日起计算。若债务人在债权人第一次向其主张权利之时明确表示不履行还款义务，则诉讼时效期间从债务人明确表示不履行义务之日起计算。

3. 分期履行的借款合同：

   • 对于分期履行的借款合同，诉讼时效期间自最后一期还款期限届满之日起计算。这意味着，如果借款是分批偿还的，那么诉讼时效将从最后一批还款的时间点开始计算。

三、最长诉讼时效

除了上述的一般诉讼时效外，《中华人民共和国民法典》还规定了最长诉讼时效期间为二十年。这是自权利受到损害之日起计算的最长时间限制，无论何种情况，超过二十年的人民法院将不予保护。不过，在特殊情况下，如果权利人有正当理由需要延长诉讼时效期间，可以向人民法院提出申请。

四、诉讼时效的中止与中断

1. 中止：

   • 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍导致权利人不能行使请求权（如因自然灾害、战争等原因无法提起诉讼），诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

2. 中断：

   • 诉讼时效可能因权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等行为而中断。例如，如果债权人向债务人发出催款通知，或者债务人表示愿意还款，或者债权人向法院提起诉讼等，都将导致诉讼时效的中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。

综上所述，借款合同中约定有违约金条款时，其主债权的诉讼时效计算主要依据《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的相关规定。在计算诉讼时效时，需要考虑基本诉讼时效、起算时间、最长诉讼时效以及诉讼时效的中止与中断等因素。希望这些解答能够帮助您更好地理解借款合同中违约金条款的诉讼时效计算问题。