关于借款协议中逾期还款计息约定的诉讼时效认定，以下是我的详细解答：

核心结论：借款协议中逾期还款计息约定的诉讼时效，通常依据借款协议的整体诉讼时效来确定，并受相关法律规定及司法解释的约束。

分析说明：

1. 借款协议的诉讼时效基础：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，借款协议的诉讼时效一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这是借款协议诉讼时效的基本法律依据。

2. 逾期还款计息与诉讼时效的关系：逾期还款计息作为借款协议的一部分，其诉讼时效通常与借款协议的整体诉讼时效保持一致。也就是说，如果借款协议在诉讼时效内未得到履行，那么逾期还款计息的约定也同样在诉讼时效内有效。

3. 特殊情况的诉讼时效：在某些特殊情况下，如借款协议中有特别约定或者法律另有规定，诉讼时效可能会有所不同。例如，如果借款协议中明确约定了更长的诉讼时效期间，或者法律对某类借款协议规定了特殊的诉讼时效，那么应当遵循这些特别约定或法律规定。

4. 诉讼时效的中断与延长：在诉讼时效期间内，如果发生法律规定的诉讼时效中断或延长事由，如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等，那么诉讼时效会相应中断或延长。这同样适用于逾期还款计息的约定。

综上所述，借款协议中逾期还款计息约定的诉讼时效，一般遵循借款协议的整体诉讼时效规定，并受相关法律规定及司法解释的约束。在特殊情况下，诉讼时效可能会有所不同，且可能因诉讼时效的中断或延长而发生变化。如有具体法律问题，请直接向我咨询。