买商铺时房产部门代管是否合法，需分情况讨论：
代管行为有明确法律依据或合同约定
- 合法性依据：若房产部门（如房管局、不动产登记中心等）的代管行为是基于法律、行政法规的明确授权，或者是在买卖双方自愿、平等的基础上，通过合同明确约定了代管条款（例如商铺托管协议），且代管内容不违反法律强制性规定，那么这种代管行为是合法的。
- 具体情形：比如，某些情况下，开发商在商铺交付前，可能会与房产部门或第三方机构签订代管协议，负责商铺的招商、运营等前期工作，待商铺达到交付条件后再转交给买方。这种情况下，只要代管协议合法有效，且买方在购买时知晓并同意该代管安排，代管行为就是合法的。
代管行为缺乏法律依据或合同约定，或存在违法情形
- 非法性依据：如果房产部门的代管行为没有法律、行政法规的明确授权，也没有与买卖双方签订合法有效的代管合同，或者代管过程中存在欺诈、胁迫、恶意串通等违法行为，损害了买方的合法权益，那么这种代管行为就是非法的。
- 具体风险：例如，房产部门未经买方同意，擅自将商铺出租给第三方，或者将代管的商铺用于非法活动，这些都可能构成对买方权益的侵害，买方有权要求房产部门停止侵害、赔偿损失，并可能涉及行政处罚或刑事责任。
法律建议：
- 审查代管依据：在购买商铺时，买方应仔细审查房产部门代管的法律依据或合同约定，确保代管行为合法有效。
- 明确代管内容：买方应与房产部门或相关方明确代管的具体内容、期限、费用等条款，避免模糊不清或产生纠纷。
- 保留证据：在代管过程中，买方应保留好相关证据，如代管协议、付款凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 及时咨询：如果买方对代管行为存在疑问或担忧，应及时向专业律师咨询，了解自己的权利和义务，以及可能的法律风险和应对措施。
可能后果：
- 如果代管行为合法且符合合同约定，买方应按照约定履行自己的义务，享受相应的权益。
- 如果代管行为非法或存在违约情形，买方有权要求房产部门承担相应的法律责任，包括停止侵害、赔偿损失等。在严重情况下，还可能涉及行政处罚或刑事责任。
总之，买商铺时房产部门代管是否合法，需根据具体情况进行判断。买方在购买商铺时，应谨慎审查代管依据和合同条款，确保自己的合法权益得到保障。如有任何疑问或担忧，可直接向我咨询。