关于“迟到扣提成是否合法”的问题，这主要取决于公司规章制度的制定程序、内容以及是否与劳动合同或相关法律法规相冲突。以下是我为您提供的详细分析：

首先，我们需要明确的是，提成通常属于劳动报酬的一部分。根据《工资支付暂行规定》第五条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“工资”是广义的，包括基本工资、奖金、津贴、补贴以及提成等所有形式的劳动报酬。

接下来，我们分析公司规章制度的问题。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且应当将规章制度公示或者告知劳动者。这意味着，如果公司想要通过规章制度来规定迟到扣提成，那么这个规章制度必须经过民主程序制定，并且已经公示或告知了劳动者。

再进一步，我们还需要看这个规章制度的内容是否合理。即使规章制度经过了民主程序制定并公示，但如果其内容违反了法律法规的强制性规定，或者显失公平，那么这样的规章制度也是无效的。例如，如果规章制度规定“迟到一次就扣光所有提成”，这样的规定显然过于严苛，可能被视为无效。

最后，我们还需要考虑劳动合同的约定。如果劳动合同中已经明确约定了提成的计算方式和发放条件，那么公司就不能单方面通过规章制度来改变这些约定。如果公司想要变更劳动合同的内容，必须与劳动者协商一致，并采用书面形式进行变更。

总结来说：

1. 如果公司规章制度未经民主程序制定或未公示/告知劳动者，那么其中关于迟到扣提成的规定是无效的。
2. 如果规章制度虽然经过了民主程序制定并公示，但其内容违反了法律法规的强制性规定或显失公平，那么这样的规定也是无效的。
3. 如果劳动合同中已经明确约定了提成的计算方式和发放条件，公司不能单方面通过规章制度来改变这些约定。

建议：

如果您认为公司的规章制度存在问题，或者公司未经协商一致就擅自变更了劳动合同的内容，您可以先与公司进行协商。如果协商无果，您可以收集相关证据（如劳动合同、规章制度、考勤记录等），通过书面形式要求公司出示相关依据。如果公司仍然拒绝改正，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。