合同工停职期间，其合法权益确实受到一定保障，具体保障内容需根据停职原因及劳动合同、法律法规等综合判断。以下分情况详细说明：

1. 因用人单位原因停职

   • 工资支付：若停职非因劳动者过错（如用人单位经营调整、岗位暂时闲置等），根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资；超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，支付标准不得低于当地最低工资标准；若未提供正常劳动，可按不低于当地最低工资标准的70%支付生活费（具体比例可能因地区而异，需以当地规定为准）。
   • 劳动合同继续履行：停职期间，劳动合同仍有效，用人单位不得单方面解除合同（除非符合法定解除条件，如严重违纪、不能胜任工作等）。若用人单位违法解除，劳动者可要求继续履行合同或主张赔偿金。
   • 社会保险缴纳：停职期间，用人单位仍需为劳动者缴纳社会保险（养老、医疗、失业等），费用由双方按约定或法律规定分担。若用人单位停缴，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 因劳动者原因停职（如涉嫌违纪调查）

   • 工资支付：若停职是因劳动者涉嫌违纪、违法等，用人单位在调查期间可暂停支付工资，但需有明确规章制度依据（如《员工手册》中规定“调查期间暂停发放工资”），且规章制度需经民主程序制定并公示。若无依据，用人单位仍需支付工资。
   • 调查程序合法性：用人单位停职调查需遵循合理程序，如及时告知劳动者停职原因、调查期限、权利义务等，不得滥用停职权。若程序违法（如超期调查、未告知权利等），劳动者可主张权益。
   • 结果处理：若调查后确认劳动者无过错，用人单位应恢复其工作并补发停职期间工资；若确认存在过错，用人单位可依据规章制度处理（如警告、降薪、解除合同等），但需符合《劳动合同法》规定的解除条件（如严重违纪、造成重大损失等）。

3. 特殊情形下的保障

   • 孕期、产期、哺乳期女职工：根据《女职工劳动保护特别规定》，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。若停职涉及此类情形，女职工可主张权益。
   • 工伤职工：若停职与工伤相关（如停工留薪期），根据《工伤保险条例》，职工在停工留薪期内原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可适当延长，但需经劳动能力鉴定委员会确认。

建议：若您或您身边的人遇到停职问题，可先核对劳动合同、公司规章制度及当地法律法规，明确停职原因、程序及工资支付情况。若权益受损，可收集证据（如停职通知、工资条、沟通记录等）向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有疑问，欢迎直接向我咨询，我将结合具体情形为您详细解答。