在行政诉讼中，若行政行为不合法但原告的诉讼请求理由不成立，法院的判决会依据具体情况进行综合判断，通常可能作出驳回原告诉讼请求或确认行政行为违法但不撤销的判决。以下是对此问题的详细分析：
一、行政行为不合法与诉讼请求理由不成立的关系
- 行政行为不合法：指的是行政机关在作出行政行为时，违反了法律、法规的规定，或者超越了其职权范围，或者程序违法等，导致行政行为在合法性上存在瑕疵。
- 诉讼请求理由不成立：则是指原告在提起行政诉讼时，所提出的诉讼请求所依据的事实或法律理由不充分，或者与案件事实不符，或者法律适用错误等，导致其诉讼请求在法律上难以得到支持。
二、法院可能的判决类型
驳回原告诉讼请求：
- 适用情形：当法院认为原告的诉讼请求理由不成立，且行政行为虽然存在瑕疵，但并未对原告的合法权益造成实际影响，或者撤销该行政行为将给国家利益、社会公共利益造成重大损害时，法院可能会驳回原告诉讼请求。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条：“行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求。”虽然此条直接规定的是行政行为合法时驳回诉讼请求的情形，但同理，若行政行为违法但原告请求理由不成立，且撤销无实际意义或损害公共利益，法院也可驳回。
确认行政行为违法但不撤销：
- 适用情形：当法院认为行政行为确实违法，但撤销该行政行为将给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或者该行政行为已经执行完毕且无法恢复原状时，法院可能会确认行政行为违法，但不撤销该行政行为。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条：“行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为：（一）行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；（二）行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。”
三、具体判断因素
法院在作出判决时，会综合考虑以下因素：
- 行政行为的违法性程度：包括违法的事实、性质、情节以及社会危害程度等。
- 原告的合法权益是否受到实际影响：如果行政行为虽然违法，但并未对原告的合法权益造成实际影响，法院可能会倾向于驳回原告诉讼请求。
- 撤销行政行为的后果：如果撤销行政行为将给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或者导致行政关系长期处于不稳定状态，法院可能会选择确认行政行为违法但不撤销。
- 原告的诉讼请求合理性：法院会审查原告的诉讼请求是否合理、合法，以及是否提供了充分的证据支持其诉讼请求。
四、建议
- 对于原告：在提起行政诉讼时，应充分准备证据，确保诉讼请求理由充分、合法，以提高胜诉的可能性。
- 对于被告行政机关：应严格依法行政，确保行政行为的合法性，避免不必要的法律纠纷。
- 在诉讼过程中：双方均应积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和材料，以便法院能够全面、客观地了解案件事实，作出公正的判决。
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