外包公司与员工签订合作协议（通常理解为劳务合同或类似协议）的合法性，需根据具体情况及合同实际履行情况来判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法的情况
工作性质符合劳务关系特征：
- 如果外包员工提供的是临时性、短期性、一次性的劳务服务，或者员工已与其他单位建立了全日制劳动关系，而仅为外包公司提供兼职服务，这种情况下签订劳务合同（或合作协议）是合法的。
- 例子：某设计师在业余时间为外包公司提供设计服务，双方签订劳务合同，明确服务内容、报酬及支付方式等，这是合法的。
员工身份特殊：
- 如高校教师在业余时间为企业提供培训服务，因其主要劳动关系在高校，所以与企业签订的劳务合同（或合作协议）也是合法的。
合同内容明确且符合法律法规：
- 劳务合同（或合作协议）应详细规定双方的权益和责任，包括但不限于工作职责、工作标准、服务费用、劳动报酬、工作时长、休息日、社会保障等关键条款。
- 合同内容需符合《中华人民共和国民法典》等法律法规的要求，且外包公司必须拥有合法的经营许可证，具备经营相关业务的资质。
二、不合法的情况（可能被认定为事实劳动关系）
工作具有从属性：
- 如果外包员工在工作中需要接受用人单位（即外包公司）的管理和指挥，遵守用人单位的规章制度，且工作内容是用人单位业务的组成部分，那么即使签订的是劳务合同（或合作协议），也可能被认定为事实劳动关系。
- 后果：一旦被认定为事实劳动关系，外包公司需承担《劳动法》和《劳动合同法》规定的用人单位责任，如支付加班费、缴纳社会保险等。
规避法律责任目的：
- 用人单位为降低用工成本、逃避缴纳社会保险等法定责任而故意与外包员工签订劳务合同（或合作协议），实际上员工的工作内容、工作时间、工作管理等都与劳动关系无异，这种行为是不合法的。
- 后果：除了可能面临劳动行政部门的处罚外，还可能因未依法为员工缴纳社会保险等而承担赔偿责任。
三、注意事项与建议
明确合同性质：
- 外包公司应明确与员工签订的是劳务合同还是劳动合同，避免混淆劳务派遣和劳务外包，以逃避法律责任。
保障员工权益：
- 无论签订的是劳务合同还是劳动合同，都应按时支付劳动报酬、提供必要的工作条件和安全保障等，确保员工的合法权益得到保障。
合规审查：
- 在签订劳务合同（或合作协议）前，应对外包公司的资质、合同内容进行严格的合规审查，确保合同的合法性和有效性。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：如果您在签订或履行合同过程中遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
总结：外包公司与员工签订合作协议（劳务合同）的合法性取决于合同内容、实际履行情况以及双方的关系性质。为确保合法性和双方权益，建议在签订合同前进行充分的合规审查，并在必要时咨询专业律师。