结论：在混同用工且法院已判定与两家公司存在劳动关系的情况下，是否可以只仲裁一家公司，需根据具体情况和仲裁目的来决定。以下从不同角度进行分析：
一、从仲裁请求的内容和目的出发
若仲裁请求仅针对一家公司的特定行为或责任：
- 如果您的仲裁请求仅涉及其中一家公司的特定行为（如未支付工资、未签订劳动合同等），且该行为与另一家公司无直接关联，那么您可以选择仅针对这家公司提起仲裁。
- 例如，若您仅因一家公司未支付工资而提起仲裁，且能证明该工资支付责任应由该公司单独承担，那么仲裁另一家公司可能并非必要。
若仲裁请求涉及两家公司的共同责任或混同用工的整体情况：
- 如果您的仲裁请求涉及两家公司的共同责任（如共同拖欠工资、共同违反劳动法规等），或者您希望就混同用工的整体情况寻求救济，那么您可能需要同时仲裁两家公司。
- 在这种情况下，仅仲裁一家公司可能无法全面解决您的问题，因为另一家公司也可能需要承担相应的法律责任。
二、从仲裁效率和成本考虑
仲裁效率：
- 同时仲裁两家公司可能会增加仲裁的复杂性和时间成本，因为需要处理更多的证据和法律关系。
- 如果您认为仅仲裁一家公司就能有效解决问题，且另一家公司的情况对仲裁结果影响不大，那么选择仅仲裁一家公司可能更为高效。
仲裁成本：
- 仲裁两家公司通常意味着需要支付更多的仲裁费用和律师费用。
- 如果您希望降低仲裁成本，且认为仅仲裁一家公司就能满足您的需求，那么选择仅仲裁一家公司可能更为经济。
三、从法律后果和执行角度考虑
法律后果：
- 如果法院已判定您与两家公司存在劳动关系，那么这两家公司都可能对您承担法律责任。
- 如果您仅仲裁一家公司并获得胜诉裁决，但另一家公司仍拒绝履行义务，您可能仍需要就另一家公司提起诉讼或仲裁。
执行难度：
- 同时仲裁两家公司并获得胜诉裁决后，如果两家公司都拒绝履行义务，您可能需要同时申请对两家公司进行强制执行。
- 如果您仅仲裁一家公司并获得胜诉裁决，但该公司无财产可供执行或执行难度较大，您可能仍需要就另一家公司寻求救济。
建议：
- 在决定是否仅仲裁一家公司之前，建议您仔细评估您的仲裁请求、仲裁目的、仲裁效率和成本以及法律后果和执行难度等因素。
- 如果您不确定如何决策，可以咨询专业律师（即我本人，李加文律师，专注于劳动纠纷领域），以便获得更具体的法律建议和指导。
- 无论您选择仲裁一家还是两家公司，都请确保您的仲裁请求明确、具体，并准备好充分的证据来支持您的主张。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。