在集体土地征收中，要确定评估机构是否合法，可以从以下几个方面进行考量：

1. 资质审查：

   • 核心要点：评估机构必须具备相应的专业资质，这是其合法性的基础。根据相关规定，评估机构应持有有效的房地产估价机构资质证书，且资质等级应与所承担的评估任务相匹配。
   • 法律依据：虽然直接针对集体土地征收评估机构资质的法规可能并未明确提及，但可参照《房地产估价机构管理办法》等相关规定，该办法对房地产估价机构的资质管理有详细规定，包括资质等级划分、申请条件、审批程序等。

2. 选定程序：

   • 核心要点：评估机构的选定应遵循公开、公平、公正的原则，通常由被征收人通过协商、投票、摇号等公开透明的方式从符合条件的名单中选定。这一程序确保了评估机构的独立性和公正性，避免了利益冲突。
   • 实际操作：在实际操作中，征收部门会先公布符合资质要求的评估机构名单，然后组织被征收人进行选定。选定过程应有书面记录，并由被征收人签字确认。

3. 独立性保障：

   • 核心要点：评估机构在评估过程中应保持独立性，不受任何外部因素的干扰。这包括与征收部门、被征收人以及其他相关方保持适当的距离，确保评估结果的客观性和公正性。
   • 注意事项：被征收人应关注评估机构是否与征收部门存在关联关系，如是否存在经济利益往来等。如发现评估机构存在不独立的情况，应及时向相关部门举报。

4. 评估方法与流程：

   • 核心要点：评估机构应采用科学合理的评估方法和规范的评估流程进行评估。这包括市场比较法、收益法、成本法等常用评估方法的选择和应用，以及评估范围的确定、资料收集、实地勘察、评估计算等环节的规范操作。
   • 法律依据与实际操作：评估方法和流程的具体要求可参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法规中的原则性规定，以及评估行业内的相关规范和标准。在实际操作中，评估机构应制定详细的评估方案，并严格按照方案进行评估。

5. 异议处理机制：

   • 核心要点：被征收人对评估结果有异议的，应有权在规定时间内申请复核评估或向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。这一机制为被征收人提供了维护自身权益的途径，也促使评估机构更加谨慎、公正地进行评估。
   • 实际操作：在实际操作中，征收部门应明确告知被征收人异议处理的具体流程和时限，并确保异议处理机制的畅通有效。

总结与建议： 在集体土地征收中，确定评估机构是否合法需要综合考虑资质审查、选定程序、独立性保障、评估方法与流程以及异议处理机制等多个方面。被征收人应积极参与评估过程，对评估机构的选定和评估结果保持关注。如有任何疑问或异议，应及时提出并申请复核或鉴定，以维护自身合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。