集体土地协议征收的合法性依据主要来源于我国的相关法律法规，以下是对其合法性的详细阐述：
一、法律依据
《中华人民共和国土地管理法》：该法明确规定了集体土地征收的目的、范围、程序以及补偿安置等要求。只有为了公共利益的需要，如基础设施建设、公共服务设施建设等，才可以进行集体土地的征收。
《中华人民共和国土地管理法实施条例》：作为土地管理法的配套法规，进一步细化了集体土地征收的具体操作程序，确保征收工作的规范性和合法性。
二、合法性条件
符合公共利益：集体土地的征收必须是为了公共利益的需要，这是征收的前提条件。
遵循法定程序：征收集体土地必须严格按照法定程序进行，包括前期的规划、公告、征求意见、听证、审批等环节，确保被征收人的知情权、参与权和申诉权得到充分保障。
合理补偿安置：合法的集体土地征收必须提供合理的补偿安置方案，确保被征收人在失去土地后能够维持原有生活水平或得到合理改善。补偿内容通常包括土地补偿、安置补助、地上附着物和青苗补偿等。
三、协议征收的特殊性
在集体土地协议征收中，征收部门与被征收人通过协商达成一致意见，签订征收补偿协议。这种方式强调了双方的自愿性和平等性，更加注重被征收人的意愿和权益保护。
自愿协商：协议征收的前提是双方自愿协商，被征收人有权选择是否接受征收以及补偿方案。
平等协商：征收部门与被征收人在协商过程中应处于平等地位，不得强迫或威胁被征收人接受不合理的补偿方案。
签订协议：双方协商一致后，应签订书面的征收补偿协议，明确征收范围、补偿标准、安置方式等具体内容。
四、实际案例中的合法性审查
以最高法院案例为例（如(2023)最高法行申2030号案件），法院在审查集体土地征收补偿决定的合法性时，会重点关注以下几个方面：
综上所述，集体土地协议征收的合法性依据主要来源于我国的相关法律法规，并需要严格遵循法定程序和合理补偿安置的原则。在实际操作中，应确保双方的自愿性和平等性，并签订书面的征收补偿协议以明确各方权益。