针对主体不同、法律事实不同、法律关系不同的一案起诉，需根据具体情况分别处理，核心原则是判断是否符合合并审理条件，若不符合则应分别立案、分别审理。具体分析如下：

1. 判断是否符合合并审理条件

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第五十五条：“当事人一方或者双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类、人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。”若不同主体间的法律关系虽不同，但诉讼标的属于同一种类（如多个购房者分别起诉开发商要求解除合同并赔偿，虽各购房者合同独立，但诉讼标的同属商品房买卖合同纠纷），且法院认为合并审理有助于提高效率、减少诉累，并经当事人同意的，可合并审理。
   • 实务操作：法院会审查不同案件间的关联性，如法律事实是否存在牵连（如同一事件引发的多个损害后果）、法律关系是否基于相同事实产生（如主合同与从合同纠纷）等。若关联性紧密，合并审理更利于查明事实、统一裁判标准。

2. 若不符合合并审理条件，应分别立案、分别审理

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条：“起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。”若不同主体、法律事实、法律关系均独立，则需分别满足起诉条件，分别立案。
   • 实务操作：原告需针对不同法律关系分别准备起诉状、证据材料，向有管辖权的法院分别提起诉讼。法院会分别审查立案，并安排独立审理程序，包括开庭、举证、质证、辩论等环节，最终分别作出判决。

3. 特殊情形下的处理

   • 必要共同诉讼：若不同主体虽法律关系不同，但诉讼标的必须共同享有或承担（如继承人起诉要求分割遗产，虽各继承人间法律关系为继承，但诉讼标的为同一遗产），则属于必要共同诉讼，必须合并审理。
   • 第三人参加诉讼：若某一法律关系中的案件处理结果可能影响另一法律关系中的当事人权益（如债权人起诉债务人，债务人主张已将债务转让给第三人），则第三人可作为无独立请求权第三人参加诉讼，但此时仍以原诉讼为基础，不改变原、被告间法律关系。

建议：在处理此类复杂案件时，建议原告或代理人首先梳理各法律关系间的关联性，评估合并审理的可能性与必要性；若无法合并，则需分别准备诉讼策略，确保各案件事实清晰、证据充分。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业法律意见。