结论：房产证是男方的名字且贷款未结清的情况下，离婚协议中写明房子归女方，这一约定在法律上是可以合法有效的，但具体实现会受到贷款情况、银行权益及后续手续办理等多重因素的影响。以下从不同角度为您详细分析：
一、离婚协议的效力
协议内容合法性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方在离婚时，可以就财产分割达成协议。只要该协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议就是合法有效的。因此，在离婚协议中写明房子归女方，这一约定本身是合法的。
协议履行可能性：虽然离婚协议中约定了房子的归属，但实际履行时可能会遇到一些障碍。特别是当房产证上仍是男方的名字，且贷款未结清时，银行作为贷款方，对房产享有抵押权。这意味着，在贷款未还清之前，银行对房产的处置有一定的限制。
二、贷款未结清的影响
银行权益保护：由于贷款未结清，银行作为抵押权人，对房产享有优先受偿权。如果离婚后，男方或女方未能按时偿还贷款，银行有权依据抵押合同，要求对房产进行处置以收回贷款。因此，在贷款未结清的情况下，即使离婚协议中约定了房子归女方，女方也可能因银行行使抵押权而面临房产被处置的风险。
过户手续办理：在贷款未结清的情况下，办理房产过户手续可能会受到一定限制。一般来说，银行会要求贷款还清后才能办理过户手续。因此，如果女方希望将房产过户到自己名下，可能需要先与男方协商，共同还清贷款，或者通过其他方式解决贷款问题。
三、实际操作建议
协商还清贷款：为了确保离婚协议的顺利履行，双方可以协商共同还清贷款，或者由一方承担全部贷款，并在离婚协议中明确约定。这样，在贷款还清后，可以顺利办理房产过户手续，将房产归女方所有。
与银行沟通：在离婚协议签订前，双方可以与银行进行沟通，了解银行对离婚后房产处置的具体要求和流程。这有助于双方在签订离婚协议时，更加合理地安排房产的归属和贷款的偿还问题。
法律途径保障：如果双方在离婚协议履行过程中遇到纠纷，或者银行对房产处置提出异议，双方可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，可以向法院提起诉讼，要求确认离婚协议的效力，并要求对方履行协议约定的义务。
总结与建议：在房产证是男方的名字且贷款未结清的情况下，离婚协议中写明房子归女方是合法的，但具体实现需要考虑到贷款情况、银行权益及后续手续办理等多重因素。为了确保协议的顺利履行，建议双方在签订离婚协议前，充分沟通、协商，并咨询专业律师的意见。如果您在离婚协议签订或履行过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。