当发包人已经将工程款支付给了被挂靠单位，而您作为实际施工人或相关权益方发现被挂靠单位存在侵占工程款的情况时，您可以按照以下步骤来处理这一问题：
一、收集充分证据
- 挂靠协议：这是证明您与被挂靠单位之间存在挂靠关系的关键证据，其中应包含工程款支付、责任分担等重要条款。
- 工程合同及施工资料：这些资料能够证明您实际参与了工程建设，并投入了相应的人力、物力和财力。
- 工程款往来凭证：包括银行转账记录、沟通记录等，这些凭证能够证明工程款的流动情况以及您与被挂靠单位之间的沟通情况。
二、尝试初步协商
- 与被挂靠单位进行沟通，明确指出其侵占工程款的行为违反了双方之间的约定以及相关法律法规。
- 要求被挂靠单位返还侵占的工程款，并保留好沟通记录作为后续法律程序的备用证据。
三、寻求发包方协助
- 向发包方详细说明情况，包括您与被挂靠单位之间的挂靠关系、工程款支付情况以及被挂靠单位的侵占行为。
- 请求发包方协助解决或监督被挂靠单位支付工程款，发包方作为工程款的支付方，其协助对于解决问题可能起到关键作用。
四、采取法律手段
- 发送律师函：如果协商无果，您可以考虑委托律师向被挂靠单位发送律师函，正式通知其返还侵占的工程款，并表明您已采取法律手段维护自身权益。
- 提起诉讼：
- 确定管辖法院：通常为由工程所在地人民法院管辖，您需要向该法院提交起诉状。
- 撰写起诉状：在起诉状中详细陈述事实，明确提出您的诉讼请求，如要求被挂靠单位返还工程款、支付违约金等。
- 立案和审理：提交证据，阐述您的观点，并反驳被挂靠单位的抗辩。法院将根据事实和法律规定作出判决。
- 执行判决：如果胜诉，您可以申请强制执行，以实现您的合法权益。
五、向监管部门投诉
- 您还可以向建设行政主管部门或工商行政管理部门投诉被挂靠单位的侵占行为，请求这些部门进行调查处理。
六、加强合同管理以预防未来纠纷
- 在未来的合作中，您应加强合同管理，确保合作关系明确合法，避免类似事件再次发生。
- 咨询专业律师或法律顾问，了解您的权益和应对策略，以便在遇到类似问题时能够迅速、有效地维护自身权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》中关于合同订立、履行、违约责任的规定，为您提供了维护自身权益的法律基础。
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》中保护实际施工人权益的规定，明确指出发包人在欠付工程价款范围内承担责任，这也为您提供了法律支持。
综上所述，面对被挂靠单位侵占工程款的情况，您应冷静收集证据，通过协商和寻求协助尝试解决问题。若协商无果，则应果断采取法律手段维护自身权益，并可向监管部门投诉。同时，加强合同管理并咨询专业人士是预防类似事件再次发生的关键。