企业被查老板不愿意补税，财务是否会跟着倒霉，这取决于多种因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、财务人员的法律责任
如果财务人员并未参与逃税行为：
- 一般情况下，财务人员不会因老板的逃税行为而直接承担法律责任。税务机关的调查和处罚主要针对的是逃税行为的直接责任人，即老板或相关决策者。
- 但财务人员有义务配合税务机关的调查，提供必要的财务资料和说明。如果财务人员拒绝配合或提供虚假资料，可能会面临一定的法律责任。
如果财务人员参与了逃税行为：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，如果财务人员协助老板逃税，如伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入等，将可能面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 在严重的情况下，如果逃税行为构成犯罪，财务人员还可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，逃税罪的主体包括纳税人、扣缴义务人以及协助逃税的其他人员。
二、财务人员的风险防范
保持独立性：
- 财务人员应保持职业独立性，不参与老板的非法决策。在发现老板有逃税意图时，应明确表达反对意见，并保留相关证据。
完善财务制度：
- 企业应建立完善的财务制度，确保财务活动的合法性和合规性。财务人员应严格按照财务制度进行操作，避免因为制度漏洞而陷入法律风险。
及时沟通与报告：
- 如果财务人员发现企业存在逃税行为或潜在的法律风险，应及时与老板沟通，并考虑向相关部门报告。这不仅可以保护自己的合法权益，也有助于企业及时纠正错误，避免更大的法律风险。
三、实际案例与启示
- 在实际案例中，有些财务人员因为参与逃税行为而受到了法律的制裁。这些案例提醒我们，财务人员必须严格遵守法律法规，不得参与任何非法活动。
- 同时，也有一些财务人员在面对老板的逃税要求时，选择了拒绝并保留了相关证据，最终避免了法律责任。这些案例告诉我们，保持职业独立性和法律意识是保护自己的重要手段。
总结与建议：企业被查老板不愿意补税时，财务人员是否会跟着倒霉取决于其是否参与了逃税行为以及是否采取了适当的风险防范措施。为了保护自己的合法权益，财务人员应保持职业独立性、完善财务制度、及时沟通与报告。如果遇到相关法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。