农民工工资保函在完工后是否要退还，这主要取决于保函的具体条款以及相关法律法规的规定，但通常情况下，若保函期限已满且未发生索赔，保函会自然失效，无需特别退还；若保函仍在有效期内且未发生索赔，但工程已完工，是否退还需根据保函条款和双方约定来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、保函的基本性质与目的

农民工工资保函是银行、保险公司等金融机构应承包商（或雇主）的请求，向农民工（或农民工代表、劳动保障部门等）出具的一种书面担保。其目的在于确保承包商（或雇主）能够按时足额支付农民工工资，保障农民工的合法权益。保函通常具有一定的期限，并在期限内承担担保责任。

二、保函的退还情况

1. 保函期限已满且未发生索赔：

   • 在这种情况下，保函已经完成了其担保使命，自然失效。金融机构无需再承担担保责任，因此也无需特别退还保函。农民工或相关方可以保留保函作为已履行担保义务的证明，或者根据需要进行销毁。

2. 保函仍在有效期内但工程已完工：

   • 若保函条款中明确规定了工程完工后保函的处理方式（如自动失效、需退还等），则应按照条款执行。
   • 若保函条款未明确规定，且双方（承包商与金融机构）未就保函的退还达成特别约定，则通常保函会继续有效至其约定的期限届满。在此期间，若未发生索赔，保函同样会自然失效。但若承包商希望提前解除保函的担保责任，可以与金融机构协商退还保函或办理保函的注销手续。

三、实际操作中的注意事项

1. 仔细阅读保函条款：

   • 在办理农民工工资保函时，承包商应仔细阅读保函条款，了解保函的期限、担保范围、索赔条件以及退还规定等。这有助于在工程完工后正确处理保函事宜。

2. 与金融机构沟通：

   • 若对保函的退还有疑问或需要提前解除保函的担保责任，承包商应及时与金融机构沟通，了解具体的操作流程和所需材料。

3. 保留相关证据：

   • 在处理保函事宜时，承包商应保留好与保函相关的所有证据和文件，如保函原件、支付工资的记录、工程完工证明等。这些证据在发生纠纷时将起到重要作用。

四、法律法规的遵循

在处理农民工工资保函的退还问题时，承包商和金融机构应严格遵守相关法律法规的规定。如《中华人民共和国担保法》、《中华人民共和国劳动合同法》等，这些法律法规对保函的出具、履行、退还等方面都有明确的规定和要求。

如有更多关于农民工工资保函或其他劳动工伤（工资福利）方面的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。