若合同中约定补充协议无效，其实际效力需根据具体情况判断，一般而言，补充协议的效力并非绝对无效，而是取决于其签订的主体、意思表示、内容及形式等是否符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、补充协议无效的一般情形
主体不适格：
- 若签订补充协议的一方或双方不具备相应的民事行为能力，如一方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人且未经法定代理人同意或追认，则其签订的补充协议可能无效。
意思表示不真实：
- 若补充协议是在欺诈、胁迫、重大误解等情形下签订的，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议，撤销后协议自始无效。
内容违法违规或违背公序良俗：
- 补充协议的内容若违反法律、行政法规的强制性规定，或违背公共秩序与善良风俗，则该协议无效。例如，约定违法犯罪行为或损害社会公共利益的条款。
形式要件缺失：
- 若原合同或法律法规对补充协议的形式有特别要求，如必须采用书面形式并签字盖章，而补充协议未满足这些要求，则可能因形式瑕疵而无效。
二、合同中约定补充协议无效的特殊情况
约定本身违法或无效：
- 若合同中关于补充协议无效的约定本身违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，则该约定无效，不影响补充协议的实际效力。例如，约定补充协议必须违反法律才能生效，这样的约定显然是无效的。
约定不影响补充协议实际效力：
- 合同中的约定并不总是能决定补充协议的效力。即使合同中约定补充协议无效，但如果补充协议的签订主体适格、意思表示真实、内容合法合规且形式符合要求，那么补充协议仍然可能具有法律效力。此时，合同中的约定可能被视为双方对补充协议效力的一个初步预期或条件，但并非决定性因素。
三、处理建议
审查补充协议内容：
- 在签订补充协议前，应仔细审查协议内容，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且符合双方的真实意愿。
咨询专业律师：
- 若对补充协议的效力存在疑问或争议，建议直接向我咨询。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和帮助，确保你的权益得到妥善保护。
考虑主合同效力：
- 补充协议的效力通常依附于主合同。如果主合同无效，那么基于该主合同签订的补充协议也可能无效。因此，在签订补充协议时，应确保主合同的合法性和有效性。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份主合同，约定购买一批货物，并随后签订了一份补充协议，对货物的交付时间、方式等进行了详细约定。如果主合同因违反法律法规而被认定无效，那么补充协议也可能因失去依托而无效。但是，如果补充协议中包含了独立有效的条款，如争议解决条款或清算和结算条款，这些条款在主合同无效时仍可能保持有效。
综上所述，合同中约定补充协议无效并不意味着补充协议一定无效。其实际效力需根据具体情况判断。在签订补充协议时，应确保协议内容合法、真实且符合形式要求，以避免可能的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。