核心结论：当民事起诉公司时发现厂子出现两家（可能涉及同一公司有多个厂区或存在关联公司等情况），需根据具体情况确定被告主体及诉讼策略，以下分情况说明。

1. 若两家厂子属于同一公司的不同厂区
   • 确定被告主体：在这种情况下，公司是独立的法律主体，两家厂子只是公司的不同经营场所，一般应以公司为被告。在起诉时，需要明确公司的全称、统一社会信用代码、住所地等信息，这些信息可以通过国家企业信用信息公示系统等渠道查询获取。
   • 诉讼策略：在诉讼过程中，要明确诉讼请求与公司的关联性。例如，如果是因产品质量问题起诉，需要证明产品是由该公司生产或销售的，且该产品存在质量问题给自己造成了损害。可以收集相关的购买凭证、产品检测报告等证据来支持自己的主张。如果涉及多个厂区生产的产品，要明确具体是哪个厂区生产的产品引发了纠纷，以便在诉讼中更有针对性地阐述事实和理由。
2. 若两家厂子属于关联公司（如母子公司、兄弟公司等）
   • 确定被告主体：
     • 单独起诉一家公司：如果能够明确是哪一家公司的行为给自己造成了损害，且该损害与另一家公司无关，那么可以单独起诉这家公司。例如，一家子公司生产的产品存在缺陷导致自己受伤，且该产品的生产、销售等环节与母公司无关，那么可以只起诉该子公司。
     • 起诉多家公司：如果两家关联公司的行为共同导致了损害的发生，或者难以区分是哪一家公司的行为造成了损害，那么可以将两家公司列为共同被告。例如，母公司对子公司的生产经营进行过度干预，导致子公司生产的产品存在质量问题，给消费者造成了损害，在这种情况下，母公司和子公司可能都需要承担相应的责任，消费者可以将它们列为共同被告。
   • 诉讼策略：
     • 收集关联关系证据：要收集能够证明两家公司存在关联关系的证据，如公司章程、股权结构、财务报表、业务往来凭证等。这些证据可以帮助法院认定两家公司之间的关联关系，从而确定它们是否需要承担连带责任。
     • 明确责任划分：如果将多家公司列为共同被告，在诉讼中要明确各公司之间的责任划分。可以根据各公司在侵权行为中的作用、过错程度等因素，主张各公司承担相应的赔偿责任。例如，在产品责任纠纷中，如果母公司对子公司的产品质量监管不力，存在过错，那么可以主张母公司在一定范围内承担赔偿责任。
3. 若存在冒名登记等情况（即其中一家厂子冒用另一家公司的名义进行经营）
   • 确定被告主体：
     • 起诉实际经营者：如果能够确定冒名登记的实际经营者，那么应以实际经营者为被告。例如，某人冒用某知名公司的名义开设厂子进行生产经营活动，给消费者造成了损害，消费者在查明实际经营者后，可以起诉该实际经营者。
     • 起诉被冒名公司（视情况）：在某些情况下，被冒名的公司也可能需要承担一定的责任。例如，被冒名公司存在过错，如未及时采取措施制止冒名行为，导致损害扩大，那么被冒名公司可能需要承担相应的补充责任。但这种情况需要根据具体事实和法律规定来判断。
   • 诉讼策略：
     • 收集冒名证据：要收集能够证明冒名登记的证据，如工商登记资料、公章鉴定报告、证人证言等。这些证据可以帮助法院认定冒名登记的事实，从而确定被告主体。
     • 主张权利救济：根据具体情况，主张相应的权利救济。如果是因为购买了冒名厂子生产的产品而受到损害，可以要求实际经营者承担赔偿责任；如果被冒名公司存在过错，也可以要求其承担相应的补充责任。

在民事起诉过程中，如果遇到公司厂子出现两家等复杂情况，建议及时收集相关证据，明确被告主体和诉讼请求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。