结论：在起诉时公司已从一人公司变更为两人公司，这一变化主要影响诉讼主体的确定、责任承担以及诉讼程序的进行。以下从这几个方面进行详细分析：
一、诉讼主体的确定
公司作为被告的身份不变：
- 无论公司股东人数如何变化，公司作为独立法人实体，其诉讼地位不受股东人数变动的影响。因此，在起诉时，公司仍然是适格的被告。
股东可能成为共同被告或第三人：
- 如果起诉的事由与股东行为直接相关，例如股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务，严重损害公司债权人利益的，根据《公司法》的相关规定，债权人可以请求股东对公司债务承担连带责任。在这种情况下，股东可能成为共同被告。
- 如果股东的变化对案件处理有实质性影响，但股东并非直接责任人，法院可能会根据案件需要，通知相关股东作为第三人参加诉讼，以便查明案件事实。
二、责任承担
公司责任：
- 公司作为独立法人，应以其全部财产对公司的债务承担责任。股东人数的变化不影响公司对外承担责任的能力。
股东责任：
- 对于一人公司变更为两人公司前的债务，如果原一人股东不能证明公司财产独立于其个人财产的，根据《公司法》的规定，原一人股东仍需对公司债务承担连带责任。
- 对于变更后新增的股东，除非其存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务等行为，否则一般不对公司变更前的债务承担责任。但新增股东可能需对公司变更后的债务承担相应责任，具体取决于其出资情况、公司章程规定以及相关法律法规。
三、诉讼程序的进行
变更诉讼主体：
- 如果起诉后公司股东人数发生变化，且这一变化对诉讼有实质性影响（例如需要追加股东为共同被告或第三人），原告可以向法院申请变更诉讼主体。法院将根据案件情况决定是否准许。
继续诉讼：
- 如果股东人数的变化对诉讼无实质性影响，或者法院认为无需变更诉讼主体，诉讼将继续进行。原告应按照原诉讼策略进行诉讼活动，包括举证、质证等。
四、建议与注意事项
及时收集证据：
- 原告应密切关注公司股东人数的变化情况，并及时收集相关证据，以便在诉讼中证明自己的主张。
咨询专业律师：
- 由于公司股东人数变化可能涉及复杂的法律问题，建议原告在起诉前或诉讼过程中咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和指导。作为张长波律师，我专注于知识产权、专利权、商标权及公司法务领域，如有相关法律问题，可直接向我咨询。
关注诉讼时效：
- 原告应注意诉讼时效的问题，确保在法定时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
综上所述，起诉时公司已从一人公司变更为两人公司，主要影响诉讼主体的确定、责任承担以及诉讼程序的进行。原告应根据具体情况采取相应的诉讼策略，并咨询专业律师以获得更具体的法律建议。