当商标侵权中的法人拥有两个公司时，处理方式主要取决于侵权行为的具体情况以及两个公司在侵权中的角色和责任。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
确定侵权主体与责任：
- 首先，需要明确是哪个公司实施了商标侵权行为。这通常通过调查侵权行为的具体实施者、侵权产品的生产或销售来源等来确定。
- 如果只有一个公司直接参与了侵权行为，那么该公司将承担主要的法律责任。根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，侵权公司可能需要按照权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益，或者参照该商标许可使用费的倍数来合理确定赔偿数额。
两个公司的连带责任：
- 如果两个公司之间存在关联关系，且其中一个公司通过另一个公司实施了商标侵权行为，或者两个公司共同参与了侵权行为，那么它们可能需要承担连带责任。
- 在这种情况下，权利人可以向任何一个或两个公司主张赔偿。法院在判决时，会考虑两个公司在侵权中的具体作用和责任大小，来确定它们各自应承担的赔偿份额。
处理两个公司的策略：
- 协商解决：在诉讼之前，权利人可以尝试与两个公司进行协商，寻求和解或达成赔偿协议。这可以节省时间和成本，并避免不必要的法律纠纷。
- 分别起诉：如果协商无果，权利人可以选择分别起诉两个公司，或者根据具体情况选择起诉其中一个公司。在起诉时，需要提供充分的证据证明侵权行为的存在以及两个公司与侵权行为的关联。
- 共同起诉：如果两个公司共同参与了侵权行为，权利人也可以选择将它们作为共同被告提起诉讼。在共同诉讼中，法院会一并审理并作出判决。
法律后果与赔偿：
- 无论选择哪种处理方式，侵权公司都可能面临法律制裁和赔偿义务。赔偿数额的计算方式如前所述，可能包括权利人的实际损失、侵权人的获利、商标许可使用费的倍数等。
- 如果侵权行为情节严重，法院还可能对侵权公司处以罚款、没收违法所得等处罚。
建议与预防措施：
- 对于法人而言，拥有多个公司时，应加强对各公司的管理和监督，确保它们不从事任何侵权行为。
- 可以建立内部合规机制，定期对各公司的业务活动进行审查，以预防潜在的商标侵权风险。
- 如果发现任何侵权行为，应立即采取措施停止侵权，并积极与权利人协商解决赔偿问题。
示例说明：假设A公司是法人拥有的两家公司之一，B公司是另一家。如果A公司未经授权使用了某注册商标，并生产了侵权产品，而B公司则负责销售这些侵权产品。在这种情况下，A公司和B公司都可能被视为共同侵权人，需要承担连带责任。权利人可以向A公司和B公司同时主张赔偿，或者选择起诉其中一个公司。
总结与建议：当商标侵权中的法人拥有两个公司时，处理方式应基于侵权行为的具体情况和两个公司在侵权中的角色和责任。建议法人加强对各公司的管理和监督，预防潜在的商标侵权风险，并在发现侵权行为时立即采取措施停止侵权并协商解决赔偿问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。