总经理直接指定施工单位是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司有明确的招投标或选择施工单位的相关制度，且总经理的指定行为违反了这些制度：

   • 法律背景：公司内部的规章制度，尤其是涉及重大经济活动的招投标或选择施工单位的规定，通常是为了确保公平、公正、透明，防止腐败和利益输送。如果总经理直接指定施工单位，绕过了这些制度，就可能构成对公司规章制度的违反。
   • 法律后果：这种行为可能引发公司内部的纠纷，甚至可能导致总经理承担内部纪律处分或法律责任，如因违反公司章程或内部管理规定而被追究责任。同时，如果因此给公司造成损失，总经理还可能面临赔偿损失的责任。

2. 若公司没有明确的招投标或选择施工单位的相关制度，或总经理的指定行为符合公司制度但可能涉及利益输送等不正当行为：

   • 法律背景：即使公司没有明确的制度规定，总经理作为公司的高级管理人员，也有义务遵守法律法规和商业道德，不得利用职权谋取私利或进行不正当交易。如果总经理的指定行为存在利益输送、关联交易等不正当行为，就可能违反相关法律法规。
   • 法律后果：这种行为可能构成违法，如违反《公司法》中关于公司高级管理人员忠实义务和勤勉义务的规定，或者构成商业贿赂等违法行为。总经理可能因此面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

3. 若总经理的指定行为完全符合公司制度，且不存在任何不正当行为：

   • 法律分析：在这种情况下，总经理的指定行为可能是合法的，尤其是当公司制度赋予了总经理在特定情况下直接指定施工单位的权力时。然而，即使如此，总经理也应确保其行为符合公司的最佳利益，并避免任何可能引发利益冲突或不当行为的情形。
   • 建议：尽管在这种情况下总经理的行为可能合法，但为了确保公司的长期利益和声誉，建议总经理在行使此类权力时保持透明和公正，并考虑引入第三方监督或审计机制。

额外建议：

• 对于公司而言，应建立健全的招投标和选择施工单位的相关制度，明确选择标准和程序，以确保公平、公正、透明。
• 对于总经理而言，应严格遵守公司制度和法律法规，避免利用职权谋取私利或进行不正当交易。如果存在任何疑问或不确定的情况，应及时咨询法律专业人士或公司内部法律部门。

总结：总经理直接指定施工单位是否违法，取决于公司制度、行为性质以及是否存在不正当行为等多个因素。因此，在无法一概而论的情况下，建议根据具体情况进行详细分析。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。