公司与员工签订劳务协议的合法性需根据双方实际关系及合同内容来判断，不能一概而论。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
一、合法情形
退休返聘人员：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十二条，用人单位与已享受养老保险待遇或领取退休金的人员发生用工争议时，按劳务关系处理。例如，公司聘请退休的工程师进行技术指导，由于该工程师已享受养老保险待遇，双方签订劳务协议是合法的。
兼职人员：
- 劳动者在不影响本职工作的前提下，利用业余时间为其他公司提供劳务，如某公司员工周末为另一家公司做兼职翻译。这种情况下，双方明确约定工作内容、报酬等事项，建立的是合法的劳务关系，签订劳务协议也是合法的。
独立承包人：
- 公司将特定项目或业务外包给个人，由个人独立完成工作任务，如公司聘请独立设计师进行产品设计。双方签订劳务协议明确权利义务，这种情况也是合法的。
二、不合法情形
- 混淆劳动关系签订劳务协议：
- 如果员工实际上为公司提供劳动，接受公司管理，遵守公司规章制度，且工作内容是公司业务的组成部分，同时公司定期支付劳动报酬，这本质上属于劳动关系。此时，如果公司为了规避劳动法义务（如缴纳社保、支付经济补偿等）而与员工签订劳务协议，则是不合法的。例如，公司长期雇佣一名员工从事日常行政工作，却与其签订劳务协议，这种做法在劳动仲裁或法院审理中，通常会被认定为劳动关系，公司仍需承担相应法律责任。
三、劳务协议与劳动合同的区别及签订注意事项
区别：
- 主体不同：劳务协议主体可以是单位与自然人或双方都是自然人；劳动合同主体则是单位与自然人。
- 双方当事人关系不同：劳动合同中，劳动者成为用人单位成员，受用人单位管理；劳务协议中，双方地位始终平等。
- 承担劳动风险责任的主体不同：劳动合同中，劳动风险责任由用人单位承担；劳务协议中，劳动风险责任由提供劳务的一方自行承担。
- 法律干预程度不同：劳动合同支付的报酬称为工资，受法律严格规定；劳务协议支付的报酬称为劳务费，主要由双方协商确定。
- 适用法律和争议解决方式不同：劳务协议受民法调整，争议由人民法院审理；劳动合同则受劳动法及相关行政法规调整。
签订注意事项：
- 确保合同条款符合法律法规：特别是《劳动合同法》的相关规定，避免出现违法条款。
- 及时签订：用工之日起一个月内与劳动者签订协议，避免超期未签导致的法律风险。
- 明确双方权利义务：合同内容应详细、明确，包括工作内容、报酬支付、工作时间、保密义务等。
- 审查合同合法性：在签订前仔细审查合同内容，确保不违反法律法规的强制性规定。
总结来说，公司与员工签订劳务协议的合法性取决于双方关系的实质及合同内容的合规性。如果双方确实构成劳务关系且合同内容合法，则签订劳务协议是合法的；如果企业以劳务协议之名规避劳动关系应承担的责任，则是违法的。因此，公司在与员工签订合同时，应谨慎考虑并选择适当的合同类型，以确保自身行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。