合同签订主体是总公司，付款给分公司在法律上通常是合理的，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从多个角度为您详细分析：
法律允许性角度
总公司与分公司的法律关系：
- 分公司作为总公司的分支机构，不具备独立法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律逻辑上讲，总公司和分公司可视为一个整体。总公司作为法人实体，有权签订合同；分公司作为总公司的组成部分，在经营范围内也可以进行一定的财务活动，包括支付或接收款项。
- 若总公司和分公司之间有明确的内部协议或授权，且该安排不违反法律法规的强制性规定，那么这种付款方式通常是合法的。
合同自治原则：
- 合同具有相对性，合同双方可以在不违反法律强制性规定的前提下，自由约定合同的内容，包括付款方式。因此，如果合同中明确约定了可以由分公司接收款项，或者合同履行过程中各方当事人通过协商一致同意由分公司接收款项，那么这种付款方式就是合法的。
实际操作便利性角度
- 在实际业务中，由于分公司可能更直接地参与项目的执行或服务的提供，因此由分公司接收相关费用可能更为便利。这有助于简化财务流程，提高资金使用效率。例如，在跨地区项目中，由当地的分公司接收款项可能更符合实际业务需求。
税务与会计处理角度
- 这种付款方式在税务和会计上也是可行的，但需要确保相关的税务申报和会计处理符合法规要求。例如，需要正确区分总公司和分公司的收入、成本和费用，避免税务风险。同时，应确保发票的开具与收款主体相符，以避免引发税务机关的质疑。
需注意的条件和风险
明确约定：
- 总公司和分公司之间应有明确的书面约定，界定各自的权利和义务，特别是关于收款责任的划分。这有助于避免未来可能出现的纠纷。同时，应在合同中明确约定允许付款给分公司，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
合规性审查：
- 应确保这种付款方式不违反相关法律法规的强制性规定，如外汇管理、税收征管等。特别是在涉及跨境交易时，更需要谨慎处理，确保符合相关法规要求。
财务风险控制：
- 需要评估分公司的财务状况和偿债能力，确保其能够按时足额接收款项。否则，可能会给总公司带来财务风险。例如，如果分公司财务状况不佳，可能导致无法按时支付供应商款项或员工工资等，进而影响总公司的声誉和业务运营。
内部管理协调：
- 总公司和分公司之间需要加强沟通和协调，确保收款流程的顺畅进行。同时，应建立健全的内部管理制度，规范财务行为。例如，可以建立定期对账机制，确保总公司和分公司的财务记录一致；同时，加强对分公司业务活动的监督和指导，确保其业务活动符合法律法规和公司规章制度的要求。
综合建议
在实际操作中，如果合同签订主体是总公司但希望付款给分公司，建议采取以下措施：
- 在合同中明确约定：在合同中明确约定允许付款给分公司，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
- 加强内部管理：总公司和分公司之间应建立明确的内部管理制度和授权流程，确保收款行为在公司内部的权限范围内进行操作。
- 注重税务合规：咨询专业税务顾问的意见，确保付款行为符合税法规定，避免税务风险。
- 保持沟通协调：加强与交易相对方的沟通和协调，确保其同意付款给分公司，并避免因此引发合同纠纷。
如果您在合同签订和付款过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。