结论：在判决书已经生效且被告人还清欠款的情况下，被告不通过原告，一般不能直接结案，但可以通过法定程序申请法院结案。

详细分析：

1. 结案的法定程序：

   • 在民事诉讼中，结案通常意味着案件已经按照法律程序审理完毕，并作出了最终的判决或裁定。对于已经生效的判决书，如果被告人已经履行了判决书所确定的义务（如还清欠款），那么案件在法律上已经得到了解决。
   • 然而，结案并不是由当事人单方面决定的，而是需要法院根据案件的实际情况和法律规定来作出决定。因此，即使被告人已经还清欠款，也不能直接认为案件已经结案，除非法院已经出具了相应的结案文书。

2. 被告如何申请结案：

   • 被告人在还清欠款后，可以向执行法院提交结案申请，并提供相关证据（如还款凭证等）来证明自己已经履行了判决书所确定的义务。
   • 执行法院在收到申请后，会进行审查，并核实被告人是否已经确实履行了义务。如果确认无误，法院会出具结案通知书，正式宣告案件已经结案。

3. 原告的角色与权利：

   • 在这个过程中，原告虽然不是直接申请结案的主体，但原告有权了解案件的进展情况，并可以要求法院提供相关的结案文书作为证明。
   • 如果原告对被告是否已经履行义务存在疑问，或者认为法院在结案过程中存在不当行为，原告可以向法院提出异议或申请复议。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果在还清欠款后，被告因某种原因无法直接向法院申请结案（如被告失踪、死亡等），那么原告或被告的继承人可以代为申请结案。
   • 另外，如果案件在执行过程中出现了其他复杂情况（如涉及多个债权人、财产分配问题等），那么结案的过程可能会更加复杂和漫长。

建议与提醒：

• 对于被告来说，在还清欠款后，及时向法院申请结案是非常重要的。这不仅可以避免不必要的法律纠纷和麻烦，还可以保护自己的合法权益。
• 对于原告来说，如果被告已经还清欠款但尚未结案，原告可以主动与法院联系，了解案件的进展情况，并要求法院尽快出具结案通知书。
• 如果在结案过程中遇到任何问题或疑问，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业、全面的法律服务。