结论：承包人与发包人分公司签订仲裁协议，总公司未盖章的情况下，仲裁协议的效力及是否可仲裁需分情况讨论。

分析：

1. 分公司签订仲裁协议的效力：

   • 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司授权范围内，可以以自己的名义从事民事活动，包括签订合同和仲裁协议。
   • 若分公司签订仲裁协议时，已获得总公司的明确授权，且该授权范围包括签订仲裁协议，则该仲裁协议对总公司具有约束力，仲裁协议有效，可以依据该协议进行仲裁。
   • 若分公司签订仲裁协议时，未获得总公司的明确授权，或授权范围不包括签订仲裁协议，则该仲裁协议的效力可能存在争议。此时，需进一步分析总公司是否事后追认该仲裁协议，或该仲裁协议是否符合法律规定的其他有效要件。

2. 总公司未盖章的影响：

   • 总公司未盖章并不直接导致仲裁协议无效。仲裁协议的效力主要取决于签订协议的主体是否具有签订仲裁协议的资格和权限，以及协议内容是否符合法律规定。
   • 若分公司具有签订仲裁协议的资格和权限，且协议内容合法有效，则总公司未盖章不影响仲裁协议的效力。此时，可以依据该仲裁协议进行仲裁。
   • 若分公司不具有签订仲裁协议的资格和权限，或协议内容存在违法情形，则总公司未盖章可能进一步加剧仲裁协议的无效性。但在此情况下，即使总公司盖章，仲裁协议也可能因其他原因而无效。

3. 实际操作建议：

   • 在签订仲裁协议时，建议明确约定签订主体的资格和权限，以及总公司对分公司签订仲裁协议的授权范围。
   • 若分公司签订仲裁协议后，总公司未盖章或存在其他争议，建议及时与总公司沟通协商，寻求解决方案。
   • 若协商无果，且认为仲裁协议有效且符合仲裁条件，可以向约定的仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，仲裁机构将根据相关法律法规和仲裁规则对仲裁协议的效力进行审查。

法律后果：

• 若仲裁协议有效，则双方应依据仲裁协议进行仲裁，仲裁裁决具有终局性，对双方均具有约束力。
• 若仲裁协议无效或存在争议，则双方可能需通过诉讼等其他方式解决纠纷。在此情况下，建议及时咨询专业律师，了解相关法律程序和风险。

总结：承包人与发包人分公司签订仲裁协议时，应明确签订主体的资格和权限，以及总公司对分公司签订仲裁协议的授权范围。若总公司未盖章，但分公司具有签订仲裁协议的资格和权限，且协议内容合法有效，则仲裁协议仍然有效，可以依据该协议进行仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。