事业单位扣职工工资是否违法，取决于具体的扣工资原因、程序及法律依据。以下是对此问题的详细分析：
合法扣工资的情形
违反单位规章制度：
- 若员工违反了单位依法制定并公示的规章制度，且该规章制度明确规定了相应违规行为的扣薪条款，单位按照规定扣工资是合法的。但规章制度需符合法律法规要求，制定程序要民主、公示，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，员工因严重违反工作纪律或造成重大工作失误，单位依据规章制度扣除部分工资作为处罚，这是合法的。
法律法规或政策规定：
- 当法律法规或上级政策有明确要求时，事业单位扣工资也是合法的。例如，政府根据相关政策要求事业单位人员减薪以缓解财政压力，或者因国家税收、社保政策调整导致工资结构变化而扣除相应费用。
代扣代缴：
- 单位依法代扣代缴个人所得税、社会保险费（养老保险、医疗保险、失业保险、住房公积金等）等费用是合法的。这些费用按照国家规定比例从员工工资中扣除并上缴相关部门，是员工的法定义务。
员工给单位造成直接经济损失：
- 如果员工因个人原因给事业单位造成了直接经济损失，单位有权依据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，要求员工赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工因疏忽导致单位财产损失，单位在扣除赔偿费用时需遵守上述限制。
不合法扣工资的情形
缺乏制度依据或未经法定程序：
- 若单位没有相应的规章制度作为支撑，或规章制度未按照法定程序制定（如未经职工代表大会或全体职工讨论、未公示等），随意扣工资是不合法的。
滥用权力扣薪：
- 单位领导或管理人员出于个人私利、打击报复等不合理目的扣发工资是不合法的。例如，因员工拒绝领导的不合理要求而扣发工资，属于滥用权力扣薪。
扣除金额不合理：
- 即使规章制度规定可以扣工资，但若扣除金额过高，影响员工基本生活且缺乏合理性，也可能不合法。扣除后的工资不能低于当地最低工资标准，否则单位需承担法律责任。
扣工资的程序和注意事项
- 事业单位在扣工资前，应确保有明确的规章制度作为依据，并事先告知员工相关的扣工资标准和程序。规章制度需经民主程序制定并公示，确保员工知晓并同意。
- 执行扣工资时，应向员工出具明确的扣减通知，注明扣减原因、幅度和期限等。通知应书面形式送达员工，并保留好相关证据。
- 保障员工合法权益，避免滥用扣工资权利。员工对扣工资决定有异议时，可通过合法途径申诉或寻求法律援助。单位应积极回应员工诉求，妥善处理争议。
员工权益保护
- 员工发现工资被克扣或无故拖欠时，有权向劳动行政部门投诉，并要求支付被克扣的工资及相应的经济补偿和赔偿金。劳动行政部门将依法进行调查处理，并保障员工的合法权益。
- 可依法向当地人民法院申请支付令，要求事业单位支付被克扣的工资。支付令是一种简便、快捷的维权方式，员工可依据劳动合同或相关证据向法院申请。
- 在劳动争议处理方面，可向用人单位内部设立的劳动争议调解委员会申请调解；调解不成或不经调解的，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼。员工应充分了解并运用这些维权途径，维护自己的合法权益。
综上所述，事业编扣工资是否合法需综合考虑扣工资的原因、程序及法律依据。事业单位在扣工资时必须严格遵守法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。