基本农田上堆放粪便，一般由县级以上人民政府土地行政主管部门进行管理。以下是对此问题的详细分析：
一、基本农田的保护与管理
基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，它受到严格的法律保护。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。堆放粪便属于堆放固体废弃物的范畴，因此，在基本农田上堆放粪便是违法的。
二、管理部门的职责
对于在基本农田上堆放粪便的行为，一般由县级以上人民政府土地行政主管部门负责管理。这些部门有权对违法行为进行查处，包括责令限期改正、罚款等措施。如果情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
三、具体处理措施
责令限期改正：土地行政主管部门在发现基本农田上堆放粪便的行为后，会首先责令违法行为人限期改正，即要求其在规定的时间内将粪便清理干净，恢复基本农田的原状。
罚款：如果违法行为人未在规定时间内改正，或者改正后仍不符合要求，土地行政主管部门将依法对其处以罚款。罚款的数额根据违法行为的严重程度和造成的后果来确定。
追究刑事责任：对于情节严重、构成犯罪的违法行为，土地行政主管部门将依法将案件移送司法机关，追究违法行为人的刑事责任。
四、建议与提醒
遵守法律法规：作为农民或土地使用者，应当严格遵守土地管理法律法规，不得在基本农田上堆放粪便或其他固体废弃物，以免触犯法律。
合理利用土地：应当合理利用土地资源，保护基本农田，确保农业生产的可持续发展。如果需要堆放粪便等有机肥料，应当选择合适的地点进行堆放，并采取必要的环保措施，防止对环境和土壤造成污染。
及时咨询与处理：如果发现有人在基本农田上堆放粪便或其他违法行为，应当及时向当地土地行政主管部门报告，以便及时处理并保护自己的合法权益。
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