结论：节假日休假扣双倍底薪后，是否还扣全勤奖，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。若公司规章制度或劳动合同中明确规定节假日休假会同时扣除底薪和全勤奖，则公司有权这么做；若未明确规定，则公司通常不能仅因节假日休假就扣除全勤奖。
分析说明：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有权制定自己的规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，并且不能与法律法规相抵触。
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同中的条款，只要不违反法律法规，对双方都具有约束力。
- 因此，如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了节假日休假会同时扣除底薪和全勤奖，那么公司按照这一规定执行是合法的。
全勤奖的性质与目的：
- 全勤奖通常是为了鼓励员工全勤工作而设立的一种奖励。它旨在激励员工按时出勤，减少缺勤情况。
- 如果员工因为节假日休假（这是法定的休息时间）而被扣除全勤奖，这可能与全勤奖的设立目的相悖。节假日是员工依法享有的休息时间，不应因休假而受到惩罚。
可能的法律后果：
- 如果公司未经员工同意，擅自修改规章制度或劳动合同中的条款，或者违反法律法规的规定扣除员工的全勤奖，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 在劳动仲裁或诉讼中，如果法院或仲裁机构认定公司的行为违法或不合理，可能会要求公司返还扣除的全勤奖，并可能对公司进行罚款或其他处罚。
建议与行动：
- 对于员工：如果公司扣除了你的全勤奖，并且你认为这一行为不合理或违法，你可以先查阅公司的规章制度和劳动合同中的相关条款。如果确实存在不合理或违法的条款，你可以与公司进行协商，要求公司返还扣除的全勤奖。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 对于公司：建议公司在制定规章制度和劳动合同时，要充分考虑法律法规的规定和员工的合法权益。避免制定不合理或违法的条款，以免引发劳动纠纷和法律风险。同时，公司也应该明确全勤奖的发放条件和标准，确保公平、公正、透明。
举例说明：
假设某公司的规章制度中规定：“员工节假日休假将扣除双倍底薪，并且不享受全勤奖。”如果这一规定在劳动合同中也有明确体现，并且员工在签订劳动合同时已经知晓并同意这一条款，那么公司按照这一规定执行是合法的。但如果公司的规章制度或劳动合同中没有这样的规定，或者员工在签订劳动合同时并不知晓这一条款，那么公司就不能仅因节假日休假就扣除员工的全勤奖。