政府采购履约保证金是可以用保函来抵扣的，以下从多个角度为您详细分析：

法律依据与规定

在政府采购领域，履约保证金是为了确保供应商能够按照合同约定履行其义务而设立的一种保障措施。根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》等相关法律法规，供应商在参与政府采购活动时，通常需要按照采购文件的要求提交履约保证金。而关于履约保证金的形式，法律并未严格限定为现金，而是允许采用多种形式，包括但不限于银行保函、担保公司担保等。因此，从法律层面来讲，使用保函作为履约保证金的形式是被允许的。

保函作为履约保证金的优势

1. 资金占用少：与现金保证金相比，保函不需要供应商实际缴纳大量现金，从而减轻了供应商的资金压力，有助于其更好地运营和发展。
2. 信用保障强：保函是由银行或担保公司出具的，具有较高的信用等级和可靠性。一旦供应商未能按照合同约定履行义务，采购人可以凭借保函向银行或担保公司索赔，从而保障了采购人的权益。
3. 操作便捷：保函的开具和索赔流程相对简便，有助于提高政府采购活动的效率和便捷性。

实际操作中的注意事项

1. 保函格式与内容：供应商在提交保函时，应确保保函的格式和内容符合采购文件的要求。保函应明确载明保证的范围、期限、金额以及索赔条件等关键信息。
2. 保函有效期：保函的有效期应与合同履行期限相匹配，确保在合同履行期间保函始终有效。如果合同履行期限延长，供应商应及时办理保函的延期手续。
3. 保函索赔：在供应商未能按照合同约定履行义务时，采购人应按照保函约定的索赔条件及时向银行或担保公司提出索赔申请，并提供相关证据材料。

可能的法律后果

如果供应商未能按照合同约定提交履约保证金（包括保函形式），或者提交的保函不符合采购文件的要求，采购人有权拒绝其参与政府采购活动或者取消其中标资格。此外，如果供应商在合同履行过程中出现违约行为，且未能通过保函等方式及时赔偿采购人的损失，还可能面临法律诉讼和相应的法律责任。

综上所述，政府采购履约保证金是可以用保函来抵扣的。在实际操作中，供应商应确保保函的格式、内容、有效期等符合采购文件的要求，并在合同履行过程中严格遵守合同约定，以避免不必要的法律风险和损失。如果您在政府采购领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。