劳务派遣单位为派遣员工申请特殊工时，在符合法定条件和程序的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、特殊工时的定义与适用范围
特殊工时制度，主要包括不定时工作制和综合计算工时工作制。不定时工作制是指因生产特点、工作特殊需要或职责范围，无法按标准工作时间衡量，需机动作业的职工所采用的一种工时制度。综合计算工时工作制则是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。这两种工时制度均需经过劳动保障行政部门的审批方可实施。
二、劳务派遣单位申请特殊工时的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳务派遣单位作为用人单位，与被派遣劳动者建立劳动关系，并承担用人单位的义务。因此，劳务派遣单位有权根据工作需要，为派遣员工申请特殊工时制度。
- 同时，劳务派遣单位在申请特殊工时制度时，需遵守《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关规定，确保申请程序的合法性和合规性。
申请条件：
- 劳务派遣单位申请特殊工时制度，需满足一定的条件，如工作性质特殊、需要连续作业或受季节及自然条件限制等。这些条件需与派遣员工的工作岗位和实际工作情况相符。
- 劳务派遣单位还需与被派遣劳动者协商一致，并确保被派遣劳动者的权益不受损害。在申请特殊工时制度时，应充分考虑被派遣劳动者的意见和利益。
审批程序：
- 劳务派遣单位需向当地劳动保障行政部门提出申请，并提交相关材料，如企业营业执照、派遣协议、工作岗位说明、申请特殊工时制度的理由和依据等。
- 劳动保障行政部门将对申请材料进行审查，并可能进行实地考察或听取相关意见。经审查符合条件的，将批准劳务派遣单位实行特殊工时制度。
三、注意事项与风险提示
合规性审查：
- 劳务派遣单位在申请特殊工时制度前，应进行合规性审查，确保申请条件、程序和材料均符合法律法规的要求。避免因违规操作而引发法律纠纷或行政处罚。
劳动者权益保护：
- 劳务派遣单位在实行特殊工时制度时，应确保被派遣劳动者的权益不受损害。如合理安排工作时间、支付加班费、提供必要的劳动保护等。避免因侵犯劳动者权益而引发劳动争议或诉讼。
持续监管与调整：
- 劳务派遣单位在实行特殊工时制度期间，应接受劳动保障行政部门的持续监管。如因工作情况发生变化或劳动者提出异议等，应及时调整工时制度或采取其他措施予以解决。
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