若农村被占用的排水沟已确权，需根据确权性质及占用情况采取不同措施，核心结论如下：

1. 确认确权性质及用途
   首先需明确排水沟确权后的土地性质（如集体建设用地、农用地等）及用途（是否仍登记为排水设施用地）。若确权时已明确其公共排水功能，任何单位或个人未经法定程序改变用途均属违法，可要求恢复原状或赔偿损失。
   法律依据：根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。若占用行为违反土地用途管制，可向自然资源部门举报。

2. 区分占用主体及行为性质

   • 若为村民个人占用：需核查其是否通过合法程序（如村民会议表决）获得使用权。若未履行民主程序，可依据《村民委员会组织法》第二十四条，要求村委会撤销占用决定并恢复排水功能。
     
   • 若为村委会或集体组织占用：需审查其占用是否符合集体利益（如修建公共设施）。若占用导致排水功能丧失且未提供替代方案，可要求其承担民事赔偿责任。
     
   • 若为外部企业或政府占用：需核查是否依法办理征地手续并给予补偿。若未履行法定程序，可依据《行政强制法》第五十条，对行政机关的强制占用行为申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 收集证据并启动法律程序

   • 证据收集：包括确权证书、占用前后照片、村委会会议记录、政府批文等，证明排水沟原状及占用事实。
     
   • 协商解决：优先通过村委会或乡镇政府调解，要求占用方停止侵害并恢复原状。
     
   • 行政投诉：向自然资源部门、农业农村局举报违法占用行为，要求行政机关履行查处职责。
     
   • 民事诉讼：若占用导致财产损失（如房屋因排水不畅受损），可依据《民法典》第二百三十六条，起诉要求排除妨害、赔偿损失。

建议行动步骤：

1. 携带确权证书到村委会或乡镇政府查询土地登记档案，明确占用主体及用途；
   
2. 若占用行为违法，先书面要求占用方限期整改；
   
3. 整改无果的，向县级自然资源部门提交《土地违法查处申请书》；
   
4. 同步准备民事诉讼材料，固定损失证据（如维修费用、评估报告等）。
   

如有进一步细节（如占用时间、是否涉及征地补偿等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的方案。